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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 请教关于in cell形式向original形式坐标转化的fortran算法

苦思冥想了一天,没有想到适合的算法,想法是想将一个in cell形式(所有原子在晶格内部)转化为original形式(将原子表示成完整分子形式),请高手指导一个思路,拜谢了
in-cell

original

起初的想法是
将距离ADHE面附近一定距离处的原子加上一个晶格长度,与BCGF面内的原子计算距离以确定是否成键;同理,将距离ABEF面附近一定距离处的原子加上一个晶格长度,与CDHG面内的原子计算距离,以确定是否成键。同样的方法处理第三对表面。
但出现的问题是ADHE面附近一定距离处的原子可能与别的原子形成了某个分子上的基团,移动了一个原子,其余原子如何配对跟着移动,这是其一。其二可以看到画出的距离ADHE面和ABEF面的两个小区域会产生一个交集,如果一个分子存在此处并在BA方向上和DA方向各外延出一个原子,如何处理。棘手棘手。


[ Last edited by xk6891 on 2011-6-29 at 15:08 ]
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人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

大哥们给个思路啊,求你们了,不转化的话,工作量累死我也看不完
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
2楼2011-06-29 16:15:57
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

加了金币继续顶一下
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
3楼2011-06-30 14:52:18
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)


dubo(金币+1): 欢迎常来程序语言版讨论 2011-07-31 13:34:50
第一个问题,自己解决了,第二个问题呢?期待指导
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4楼2011-07-04 19:42:22
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