应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » swiss-model 模建
51/1返回列表
查看: 2601  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lllllyyyy

金虫 (小有名气)

[求助] swiss-model 模建

最近想做蛋白模拟和分子对接，想问下都用什么软件比较好？在swiss-model中直接用网络服务器模建的蛋白貌似不能直接用于pro-check,应该做什么样的处理较好？由于之前没怎么接触过生物信息，希望大家多多帮忙，谢谢~~~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-10-17 09:30:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lllllyyyy

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-04 22:03:15
同源模建的可靠程度在于你是否能找到合适的模板，如果目标蛋白和模板蛋白的序列一致性大于30%，其结果还是有一定参考意义的。模建完的蛋白你可以通过一些在线的服务器进行简单的优化，也可以跑个分子动力学松弛你的 ...

好的，谢谢楼主，不知道版主可以留个邮箱不？我的是cpuprotein@163.com有空可以交流一下的，十分感谢！
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-06 23:30:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励交流，AD的精度还是不错的~ 2012-11-04 22:03:53
这几天 也在做 不过我只是小本一个也是正在学习
据说SWISS已经称霸一方 但是要看你怎么用了 我的数据量比较大好几百个 出来的很多都是不准的
甚至有PDB结构的拿序列去模出来的结果和原始结构相差甚远
也想换用别的
目前可知的是DS但是我只有试用版的这个软件的模建不能用 不过据说这个会比较好
还有就是MODULLER 其准确性待测中
如果你数据量小 一两个三四个 可以拿这几种都模建一下

对接我只知道AUTODOCK 不过这个应该比较低级吧
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-04 21:14:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢 2012-11-07 09:06:02
同源模建的可靠程度在于你是否能找到合适的模板，如果目标蛋白和模板蛋白的序列一致性大于30%，其结果还是有一定参考意义的。模建完的蛋白你可以通过一些在线的服务器进行简单的优化，也可以跑个分子动力学松弛你的构象。在你做对接之前，需要对蛋白质的结构进行进一步的优化，尤其是活性位点附近的氨基酸残基侧链构象。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lllllyyyy
3楼2012-11-04 22:03:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨落心帘

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2012-11-04 21:14:59
这几天 也在做 不过我只是小本一个也是正在学习
据说SWISS已经称霸一方 但是要看你怎么用了 我的数据量比较大好几百个 出来的很多都是不准的
甚至有PDB结构的拿序列去模出来的结果和原始结构相差甚远
也想换用别 ...

你好，请问为什么我用SWISS-MODEL建模后不能下载PDB文件
赞一下 回复此楼
5楼2016-03-22 15:55:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 14/700 2026-08-21 16:51 by applepetty
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +15 archvillain 2026-08-15 27/1350 2026-08-21 11:32 by tim76
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭