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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » swiss-model 模建
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lllllyyyy

金虫 (小有名气)

[求助] swiss-model 模建

最近想做蛋白模拟和分子对接，想问下都用什么软件比较好？在swiss-model中直接用网络服务器模建的蛋白貌似不能直接用于pro-check,应该做什么样的处理较好？由于之前没怎么接触过生物信息，希望大家多多帮忙，谢谢~~~
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1楼 2012-10-17 09:30:00
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢 2012-11-07 09:06:02
同源模建的可靠程度在于你是否能找到合适的模板，如果目标蛋白和模板蛋白的序列一致性大于30%，其结果还是有一定参考意义的。模建完的蛋白你可以通过一些在线的服务器进行简单的优化，也可以跑个分子动力学松弛你的构象。在你做对接之前，需要对蛋白质的结构进行进一步的优化，尤其是活性位点附近的氨基酸残基侧链构象。
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lllllyyyy
3楼2012-11-04 22:03:15
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励交流，AD的精度还是不错的~ 2012-11-04 22:03:53
这几天 也在做 不过我只是小本一个也是正在学习
据说SWISS已经称霸一方 但是要看你怎么用了 我的数据量比较大好几百个 出来的很多都是不准的
甚至有PDB结构的拿序列去模出来的结果和原始结构相差甚远
也想换用别的
目前可知的是DS但是我只有试用版的这个软件的模建不能用 不过据说这个会比较好
还有就是MODULLER 其准确性待测中
如果你数据量小 一两个三四个 可以拿这几种都模建一下

对接我只知道AUTODOCK 不过这个应该比较低级吧
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2楼2012-11-04 21:14:59
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lllllyyyy

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-04 22:03:15
同源模建的可靠程度在于你是否能找到合适的模板，如果目标蛋白和模板蛋白的序列一致性大于30%，其结果还是有一定参考意义的。模建完的蛋白你可以通过一些在线的服务器进行简单的优化，也可以跑个分子动力学松弛你的 ...

好的，谢谢楼主，不知道版主可以留个邮箱不？我的是cpuprotein@163.com有空可以交流一下的，十分感谢！
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4楼2012-11-06 23:30:18
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雨落心帘

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2012-11-04 21:14:59
这几天 也在做 不过我只是小本一个也是正在学习
据说SWISS已经称霸一方 但是要看你怎么用了 我的数据量比较大好几百个 出来的很多都是不准的
甚至有PDB结构的拿序列去模出来的结果和原始结构相差甚远
也想换用别 ...

你好，请问为什么我用SWISS-MODEL建模后不能下载PDB文件
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5楼2016-03-22 15:55:17
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