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月下独酌

木虫 (著名写手)

[求助] iRNA的设计问题

了解iRNA的虫子麻烦回答一下设计过程中的几个问题,万分感谢。
1. 已知TNF-α正义链为5’GACAACCAACUAGUGGUGCdTdT 3’’,它的反义链是怎样的,尤其是dTdT3怎么配对?5’GACAACCAACUAGUGGUGCdTdT 3’’和5’-GAC AAC CAA CUA GUG GUG CUU-3‘有啥区别?

2.网上有这么句话“建议用dTdT取代3′端的2 个碱基突出,增强siRNA 双链复合体的稳定性。需要注意的是,由于双链siRNA中的正义链不参与对靶mRNA的识别,所以正义链的3′端突出碱基可以用dTdT替代,但是反义链3′端突出碱基必需与靶mRNA序列相同的”意思是否说,反义链的3‘端不能把最后两个碱基写成dTdT?

3.GFP siRNA中,5’-GACGUAAACGGCCACAAGUUC-3‘
antisense, 3’-CGCUGCAU-UUGCCGGUGUUCA-5‘,
为什么不完全配对?(已确认不是写错)
VEGF siRNA 中,
Sense CGAGATAGAGTACATCTTCAA
Antisense TTGAAGATGTACTCTATCTCG
为什么RNA中会出现T?

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