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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » vmd 氢键显示
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yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] vmd 氢键显示

各位好：
       请问在vmd中如何显示氢键？比如水分子之间的氢键。在selected中输入 H,O,再在drawing methond选择hbond，还是没有氢键
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1楼 2012-10-15 11:40:13
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yiha

新虫 (初入文坛)
你好：  
     谢谢回复，我是想显示下所有水之间的氢键，如图中蓝色所示，请问该如何显示？

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3楼2012-10-15 14:37:43
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zhtear99

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-15 16:35:00
在“VMD Main”的“extensions”中，选择“analysis”中的“hydrogen bonds”，会出现一个关于氢键的对话框。还有就是你可以自己用鼠标选中原子，自己连一下，然后看看在整个MD过程中这个氢键距离的变化。
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生是过往，跋涉虚无之境
2楼2012-10-15 12:32:11
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zhtear99

铁杆木虫 (著名写手)
你好，上面的方法不行吗？
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生是过往，跋涉虚无之境
4楼2012-10-16 13:53:57
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zhusy87

禁虫 (小有名气)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-16 16:00:36
本帖内容被屏蔽
5楼2012-10-16 15:50:45
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