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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] vmd 氢键显示

各位好:
       请问在vmd中如何显示氢键?比如水分子之间的氢键。在selected中输入 H,O,再在drawing methond选择hbond,还是没有氢键
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zhtear99

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-15 16:35:00
在“VMD Main”的“extensions”中,选择“analysis”中的“hydrogen bonds”,会出现一个关于氢键的对话框。还有就是你可以自己用鼠标选中原子,自己连一下,然后看看在整个MD过程中这个氢键距离的变化。
生是过往,跋涉虚无之境
2楼2012-10-15 12:32:11
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yiha

新虫 (初入文坛)

你好:  
     谢谢回复,我是想显示下所有水之间的氢键,如图中蓝色所示,请问该如何显示?

2450697.png

3楼2012-10-15 14:37:43
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zhtear99

铁杆木虫 (著名写手)

你好,上面的方法不行吗?
生是过往,跋涉虚无之境
4楼2012-10-16 13:53:57
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zhusy87

禁虫 (小有名气)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-16 16:00:36
本帖内容被屏蔽

5楼2012-10-16 15:50:45
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yiha

新虫 (初入文坛)

谢谢各位的回复,这些方法我试过了,还是不能显示
6楼2012-10-16 20:02:44
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