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用Amber跑MD，水跑散了，怎么办呢？
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| 刚刚开始摸Amber，遇到一个问题，就是用leap加入TIP3P水模型，没有加周期性边界条件，在跑平衡的时候，水跑的离分子越来越远，最后跑散了。。我在网上搜，说是需要加限制力，我这个是小有机分子，怎么对它加限制力呢？ |
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koalabear8655
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4楼2012-10-29 20:15:05