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用Amber跑MD,水跑散了,怎么办呢?
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| 刚刚开始摸Amber,遇到一个问题,就是用leap加入TIP3P水模型,没有加周期性边界条件,在跑平衡的时候,水跑的离分子越来越远,最后跑散了。。我在网上搜,说是需要加限制力,我这个是小有机分子,怎么对它加限制力呢? |
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