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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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mojie1987

铜虫 (小有名气)

[求助] 用Amber跑MD,水跑散了,怎么办呢?

刚刚开始摸Amber,遇到一个问题,就是用leap加入TIP3P水模型,没有加周期性边界条件,在跑平衡的时候,水跑的离分子越来越远,最后跑散了。。我在网上搜,说是需要加限制力,我这个是小有机分子,怎么对它加限制力呢?
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-20 16:52:53
加上周期性边界模拟连续空间就好了 跑出去的水会从镜像的另一侧进入 不仅节约了计算资源 也避免了你这种问题啊
3楼2012-10-20 14:08:48
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koalabear8655

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-20 12:37:41
想不让水跑掉,NVT和周期性边界条件怎么可以不加呢?你不加限制,水分子当然不愿意待在原地啦。
2楼2012-10-19 17:43:45
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-30 08:52:24
水溶液中模拟怎么能不加周期盒子呢。。
4楼2012-10-29 20:15:05
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huyingdamon

银虫 (小有名气)


同学,我也是模拟的有机小分子,只是我是用gromacs,我模拟时分子也是会跑到外面去,我想请问您下对于小分子模拟要不要对它加限制力呢
谢谢哈
5楼2013-07-17 16:52:54
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