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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用Amber跑MD，水跑散了，怎么办呢？
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mojie1987

铜虫 (小有名气)

[求助] 用Amber跑MD，水跑散了，怎么办呢？

刚刚开始摸Amber，遇到一个问题，就是用leap加入TIP3P水模型，没有加周期性边界条件，在跑平衡的时候，水跑的离分子越来越远，最后跑散了。。我在网上搜，说是需要加限制力，我这个是小有机分子，怎么对它加限制力呢？
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1楼 2012-10-15 10:29:04
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-20 16:52:53
加上周期性边界模拟连续空间就好了 跑出去的水会从镜像的另一侧进入 不仅节约了计算资源 也避免了你这种问题啊
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3楼2012-10-20 14:08:48
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koalabear8655

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-20 12:37:41
想不让水跑掉，NVT和周期性边界条件怎么可以不加呢？你不加限制，水分子当然不愿意待在原地啦。
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2楼2012-10-19 17:43:45
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-30 08:52:24
水溶液中模拟怎么能不加周期盒子呢。。
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4楼2012-10-29 20:15:05
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
同学，我也是模拟的有机小分子，只是我是用gromacs，我模拟时分子也是会跑到外面去，我想请问您下对于小分子模拟要不要对它加限制力呢
谢谢哈
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5楼2013-07-17 16:52:54
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