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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序发现在载体区域少了一个碱基…………
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer

[求助] 测序发现在载体区域少了一个碱基…………

生工发回来的的拼接结果中第20个碱基有缺失，但是两条引物与目的片段都是正确的，不是说开头30个甚至70个bp的碱基都不太准确麽？想求证一下.
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1楼 2012-09-20 10:31:09
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gelois

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-20 15:37:26
生工测序回来的不是会有碱基的波形图么？你可以看一下那个图，在对应的碱基的位置，波形图是整齐的还是杂乱的，如果是杂乱的，那么很有可能就是测序的问题。如果是整齐的，那么再看对应的颜色，也有可能是最后漏了的。

一般我们都只会看目的片段的序列是否正确。
反正测序结果，开头和结尾的一段会比较常见的出现问题，波形杂乱。
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Marado
2楼2012-09-20 10:46:23
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by gelois at 2012-09-20 10:46:23
生工测序回来的不是会有碱基的波形图么？你可以看一下那个图，在对应的碱基的位置，波形图是整齐的还是杂乱的，如果是杂乱的，那么很有可能就是测序的问题。如果是整齐的，那么再看对应的颜色，也有可能是最后漏了的 ...

关键是测序结果的波形图没有返还给我，打电话问了生工测序的技术部，说是不用担心，这个问题很正常很自然，测序只有70bp之后的碱基才能保证是正确的，之前的序列由于机器的问题，不能保证只能作为参考，我说要加测那段序列也说没有必要，又贵，还要重新设计引物什么的，我想想下午还是重新送一批去测序吧.
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3楼2012-09-20 12:05:51
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ysn5048

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
载体碱基出现缺失的情况是很少见的，应该是生工测序前几十个片段出现了误差导致的
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有时候，一句话，可以改变未来
4楼2012-09-20 12:59:29
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junminh

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接连个T从PROMER测不就OK了，个人感觉不用考虑，应该没有问题。
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5楼2012-09-20 13:23:17
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer
Marado: 回帖置顶 2012-09-20 14:54:48
这个就是测序图
载体上这段序列原本为：
TCCAAAATCGGATCTGGTTCCGCGT
而测序结果为：
TCCCAATCGGGATCTGGTTCGCGT

貌似不止少了一个，少了好几个
真的没问题麽？

未命名.jpg
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6楼2012-09-20 14:54:42
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gelois

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by Marado at 2012-09-20 14:54:42
这个就是测序图
载体上这段序列原本为：
TCCAAAATCGGATCTGGTTCCGCGT
而测序结果为：
TCCCAATCGGGATCTGGTTCGCGT

貌似不止少了一个，少了好几个
真的没问题麽？
4b/93/1512351_1348123847_857.jpg|1
未 ...

看你的图谱基本上是测序的问题，一开始的峰形很杂乱，如果有错误的话基本可以忽略。
况且该错误并不是发生在你的目的基因片段，对你目的蛋白的表达纯化一般是不会有影响的。你可以放心做下一步。
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7楼2012-09-20 15:27:51
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aloon111

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般都是连到T载体上测序的，你这个是连到哪测序的？
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汇天下之贤
8楼2012-09-20 15:36:15
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer
引用回帖:
8楼: Originally posted by aloon111 at 2012-09-20 15:36:15
一般都是连到T载体上测序的，你这个是连到哪测序的？

我这是表达载体的测序……
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9楼2012-09-20 16:08:59
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Marado

金虫 (正式写手)

Dreamer
引用回帖:
7楼: Originally posted by gelois at 2012-09-20 15:27:51
看你的图谱基本上是测序的问题，一开始的峰形很杂乱，如果有错误的话基本可以忽略。
况且该错误并不是发生在你的目的基因片段，对你目的蛋白的表达纯化一般是不会有影响的。你可以放心做下一步。...

谢谢，我是最近GST融合蛋白纯化做的纠结，就从源头开始找问题……看看是不是表达载体构建的问题……
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10楼2012-09-20 16:09:43
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