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zendy

铁虫 (初入文坛)

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[求助] 植物基因5‘RACE测序结果分析

鄙人最近在做5’RACE扩增植物中的某个基因的5‘端DNA序列，用的是Clontech的SMARTer RACE cDNA Amlification Kit试剂盒。巢式PCR后测序，结果出来一个210左右片段。同源比对，发现测出的片段与同源植物相应片段相似度极高，但是比同源物种的基因片段5‘端少20左右碱基（包括缺少ATG），一开始怀疑测序没有完全测完，后来查找巢式PCR特异性引物，在所测结果的片段中巢式PCR的前、后特异性引物都是有的。
就想请教一下：1，巢式PCR前、后特异性引物都能找到，但是片段比同源植物的基因片段5’端小20bp，有可能是在做5‘RACE前，提取的RNA在5’末端稍有降解，导致反转录出的片段不是完整的片段？ 2、有没有可能这个植物中的这个基因片段就是比其他同源植物中的该基因片段小？
谢谢各位大侠！！！小弟在此谢过！！！急-------

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1楼 2012-09-15 09:22:02

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183951743

新虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

多挑几个克隆看看，有可能克隆之间长度都不一致。

2楼2012-10-29 10:37:01

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