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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 大家autodock一般都跑多久？
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河外生命

木虫 (小有名气)

[求助] 大家autodock一般都跑多久？

我的系统是win7 64位，配置为i5四核，8G内存，NV独显1g现存。跑教程给的HIV抑制剂的例子，怎么到现在运行了一个多小时都没结束？之前跑autogrid时间也比在xp下要长，是不是哪里有问题？请高手解答，谢谢！
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事在人为
1楼 2012-09-06 10:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
autodock跑单次对接对机器要求不高，配置高速度也提不上去，把run的参数写上，不知道你跑多少步，我自己跑一般十几分钟到一小时吧，很少超过两小时，可能你的参数调的太高了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2012-09-06 12:26:26
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-06 14:14:02
autodock跑单次对接对机器要求不高，配置高速度也提不上去，把run的参数写上，不知道你跑多少步，我自己跑一般十几分钟到一小时吧，很少超过两小时，可能你的参数调的太高了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2012-09-06 12:26:58
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河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by houxuben at 2012-09-06 12:26:58
autodock跑单次对接对机器要求不高，配置高速度也提不上去，把run的参数写上，不知道你跑多少步，我自己跑一般十几分钟到一小时吧，很少超过两小时，可能你的参数调的太高了
...

我是按照教程的默认配置：Number of GA runs:100
population size:150
Maximum number of evals:250000;
其它都是默认的。
奇怪的是我在XP里十几分钟就跑完了，在win7里现在跑了五六个小时了怎么都没有结束。
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事在人为
4楼2012-09-06 15:59:51
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 河外生命 at 2012-09-06 15:59:51
我是按照教程的默认配置：Number of GA runs:100
population size:150
Maximum number of evals:250000;
其它都是默认的。
奇怪的是我在XP里十几分钟就跑完了，在win7里现在跑了五六个小时了怎么都没有结束。...

没有尝试过在WIN下面跑，不知是否有可能进入死循环?建议可以再WIN下装个虚拟机，在LINUX系统下做计算，保险点
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5楼2012-09-06 16:58:07
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
曾经在win7下面计算过，10次的运算量跑啦3h。。。。
换成linux，变成啦10min。。。。。。
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6楼2012-09-06 19:12:57
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