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关于稀有密码子的优化，请求大家指教
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我的目的基因和载体连接上，是异源表达，怎么都表达不出来，就查看了常见的原因，结果发现序列存在很多的稀有密码子，现在想优化后化学合成，我没有做过这方面的，是不是直接把稀有密码子换成大肠杆菌偏爱密码子就可以刻呢？会不会影响表达出来蛋白的构象啊？要注意什么呢？表达菌株是BL21。 希望能给我提点建议 谢谢 我的序列，请大侠帮我看看 atggagagcacaacatcaggattcctaggacccctgctcgtgttacaggcggggtttttcttgttgacaagaatcctcacaataccacagagtctagactcgtggtggacttctctcaattttctagggggagcacccacgtgtcctggccaaaattcgcagtccccaacctccaatcactcaccaacctcttgtcctccaacttgtcctggctatcgctggatgtgtctgcggcgttttatcatattcctcttcatcctgctgctatgcctcatcttcttgttggttcttctggactaccaaggtatgttgcccgtttgtcctctacttccaggaacatcaactaccagcacgggaccatgcagaacctgcacgattcctgctcaaggaacctctatgtttccctcttgttgctgtacaaaaccttcggacggaaactgcacttgtattcccatcccatcatcctgggctttcgcaagattcctatgggagtgggcctcagtccgtttctcctggctcagtttactagtgccatttgttcagtggttcgtagggctttcccccactgtttggctttcagctatatggatgatgtggtattgggggccaagtctgtacaacatcttgagtccctttttacctctattaccaattttcttttgtctttgggtatacatt |
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yandz680717
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lintaosong
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| 给你个网站 这里你可以自己按照表达载体进行优化http://www.kazusa.or.jp/codon/ |
2楼2012-08-29 11:54:30
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yandz680717
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lintaosong
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6楼2012-08-29 16:02:27
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那是上面还有大肠杆菌不同分型，而不同分型之间也有很大的差异。 不知道应该选择下面的哪一个？谢谢 -------------------------------------------------------------------------------- Escherichia coli O157:H7 EDL933 [gbbct]: 5347 Escherichia coli O127:H6 [gbbct]: 1 Escherichia coli O111:H- [gbbct]: 7 Escherichia coli O157:H- [gbbct]: 34 Escherichia coli phage EH297 [gbphg]: 2 Escherichia coli CFT073 [gbbct]: 5379 Escherichia coli O157:H45 [gbbct]: 4 Escherichia coli O55:H51 [gbbct]: 1 Escherichia coli O26:H11 [gbbct]: 9 Escherichia coli O63:H6 [gbbct]: 1 Escherichia coli O153:H21 [gbbct]: 2 Escherichia coli EAEC 042 [gbbct]: 4 Escherichia coli W3110 [gbbct]: 4332 Escherichia coli Nissle 1917 [gbbct]: 199 Escherichia coli O63:HNM [gbbct]: 2 Escherichia coli 536 [gbbct]: 4629 Escherichia coli UTI89 [gbbct]: 5211 Escherichia coli O119:UT [gbbct]: 1 Escherichia coli O55:H6 [gbbct]: 1 Escherichia coli OUT:NM [gbbct]: 1 Escherichia coli O15:NM [gbbct]: 1 Escherichia coli O111:NM [gbbct]: 6 Escherichia coli O26:H- [gbbct]: 3 Escherichia coli O103:H2 [gbbct]: 6 plastid Escherichia coli [gbbct]: 3 Escherichia coli [gbbct]: 8087 Escherichia coli O157:H7 str. Sakai [gbbct]: 5442 Escherichia coli O127a:H6 [gbbct]: 2 Escherichia coli O119:H6 [gbbct]: 1 Escherichia coli OUT:H12 [gbbct]: 1 Escherichia coli OUT:H6 [gbbct]: 1 Escherichia coli O86a:H40 [gbbct]: 1 Escherichia coli O86a:H34 [gbbct]: 1 Escherichia coli O111:H2 [gbbct]: 4 Escherichia coli O142:H6 [gbbct]: 1 Escherichia coli O51:H- [gbbct]: 1 Escherichia coli O41:H- [gbbct]: 1 Escherichia coli O154:H9 [gbbct]: 1 Escherichia coli NT:H19 [gbbct]: 3 Escherichia coli NT:H40 [gbbct]: 1 Escherichia coli O13:H11 [gbbct]: 1 Escherichia coli O109:H9 [gbbct]: 1 Escherichia coli O26:NM [gbbct]: 1 Escherichia coli O111:H19 [gbbct]: 1 Escherichia coli O103:K+ [gbbct]: 1 Escherichia coli O115:K+ [gbbct]: 1 Escherichia coli O26:H11:K60 [gbbct]: 1 Escherichia coli O26 [gbbct]: 3 Escherichia coli O104:H12 [gbbct]: 1 Escherichia coli APEC O1 [gbbct]: 4890 Escherichia coli B [gbbct]: 11 Escherichia coli RS218 [gbbct]: 62 Escherichia coli K12 [gbbct]: 14 Escherichia coli O157:H7 [gbbct]: 346 |
7楼2012-08-30 08:56:49
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tanglian8655
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