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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于稀有密码子的优化，请求大家指教
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475502411

铜虫 (著名写手)

[求助] 关于稀有密码子的优化，请求大家指教

我的目的基因和载体连接上，是异源表达，怎么都表达不出来，就查看了常见的原因，结果发现序列存在很多的稀有密码子，现在想优化后化学合成，我没有做过这方面的，是不是直接把稀有密码子换成大肠杆菌偏爱密码子就可以刻呢？会不会影响表达出来蛋白的构象啊？要注意什么呢？表达菌株是BL21。
希望能给我提点建议
谢谢
我的序列，请大侠帮我看看
atggagagcacaacatcaggattcctaggacccctgctcgtgttacaggcggggtttttcttgttgacaagaatcctcacaataccacagagtctagactcgtggtggacttctctcaattttctagggggagcacccacgtgtcctggccaaaattcgcagtccccaacctccaatcactcaccaacctcttgtcctccaacttgtcctggctatcgctggatgtgtctgcggcgttttatcatattcctcttcatcctgctgctatgcctcatcttcttgttggttcttctggactaccaaggtatgttgcccgtttgtcctctacttccaggaacatcaactaccagcacgggaccatgcagaacctgcacgattcctgctcaaggaacctctatgtttccctcttgttgctgtacaaaaccttcggacggaaactgcacttgtattcccatcccatcatcctgggctttcgcaagattcctatgggagtgggcctcagtccgtttctcctggctcagtttactagtgccatttgttcagtggttcgtagggctttcccccactgtttggctttcagctatatggatgatgtggtattgggggccaagtctgtacaacatcttgagtccctttttacctctattaccaattttcttttgtctttgggtatacatt
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
1楼 2012-08-29 08:44:01
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yandz680717

木虫 (正式写手)
Escherichia coli K12 [gbbct]: 14
BL21(DE3)是Escherichia coli K12 改造而来的
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11楼2012-08-31 06:29:30
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普通回帖

lintaosong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
475502411: 金币+10 2012-08-29 13:17:04
给你个网站 这里你可以自己按照表达载体进行优化http://www.kazusa.or.jp/codon/
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2楼2012-08-29 11:54:30
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475502411

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lintaosong at 2012-08-29 11:54:30
给你个网站 这里你可以自己按照表达载体进行优化http://www.kazusa.or.jp/codon/

但是打开第一栏就是输入物种，我用的是BL21，但是我不知道应该是属于大肠杆菌的那个分类？
敬请指点！
不好意思我这个实在不懂，见谅
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
3楼2012-08-29 13:16:56
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475502411

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lintaosong at 2012-08-29 11:54:30
给你个网站 这里你可以自己按照表达载体进行优化http://www.kazusa.or.jp/codon/

我用的载体是PET-28a，宿主是BL2，能不能给我写一下操作步骤呢？谢谢
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
4楼2012-08-29 13:18:49
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yandz680717

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
475502411: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-08-30 08:59:57
并不是把密码子改成大肠杆菌偏爱的密码子就ok了，还要做RNA二级结构分析。建议你请合成引物或者基因的公司给你优化
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5楼2012-08-29 14:29:59
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lintaosong

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 475502411 at 2012-08-29 13:16:56
但是打开第一栏就是输入物种，我用的是BL21，但是我不知道应该是属于大肠杆菌的那个分类？
敬请指点！
不好意思我这个实在不懂，见谅...

大肠杆菌的就行
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6楼2012-08-29 16:02:27
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475502411

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lintaosong at 2012-08-29 16:02:27
大肠杆菌的就行...

那是上面还有大肠杆菌不同分型，而不同分型之间也有很大的差异。
不知道应该选择下面的哪一个？谢谢
--------------------------------------------------------------------------------
Escherichia coli O157:H7 EDL933 [gbbct]: 5347
Escherichia coli O127:H6 [gbbct]: 1
Escherichia coli O111:H- [gbbct]: 7
Escherichia coli O157:H- [gbbct]: 34
Escherichia coli phage EH297 [gbphg]: 2
Escherichia coli CFT073 [gbbct]: 5379
Escherichia coli O157:H45 [gbbct]: 4
Escherichia coli O55:H51 [gbbct]: 1
Escherichia coli O26:H11 [gbbct]: 9
Escherichia coli O63:H6 [gbbct]: 1
Escherichia coli O153:H21 [gbbct]: 2
Escherichia coli EAEC 042 [gbbct]: 4
Escherichia coli W3110 [gbbct]: 4332
Escherichia coli Nissle 1917 [gbbct]: 199
Escherichia coli O63:HNM [gbbct]: 2
Escherichia coli 536 [gbbct]: 4629
Escherichia coli UTI89 [gbbct]: 5211
Escherichia coli O119:UT [gbbct]: 1
Escherichia coli O55:H6 [gbbct]: 1
Escherichia coli OUT:NM [gbbct]: 1
Escherichia coli O15:NM [gbbct]: 1
Escherichia coli O111:NM [gbbct]: 6
Escherichia coli O26:H- [gbbct]: 3
Escherichia coli O103:H2 [gbbct]: 6
plastid Escherichia coli [gbbct]: 3
Escherichia coli [gbbct]: 8087
Escherichia coli O157:H7 str. Sakai [gbbct]: 5442
Escherichia coli O127a:H6 [gbbct]: 2
Escherichia coli O119:H6 [gbbct]: 1
Escherichia coli OUT:H12 [gbbct]: 1
Escherichia coli OUT:H6 [gbbct]: 1
Escherichia coli O86a:H40 [gbbct]: 1
Escherichia coli O86a:H34 [gbbct]: 1
Escherichia coli O111:H2 [gbbct]: 4
Escherichia coli O142:H6 [gbbct]: 1
Escherichia coli O51:H- [gbbct]: 1
Escherichia coli O41:H- [gbbct]: 1
Escherichia coli O154:H9 [gbbct]: 1
Escherichia coli NT:H19 [gbbct]: 3
Escherichia coli NT:H40 [gbbct]: 1
Escherichia coli O13:H11 [gbbct]: 1
Escherichia coli O109:H9 [gbbct]: 1
Escherichia coli O26:NM [gbbct]: 1
Escherichia coli O111:H19 [gbbct]: 1
Escherichia coli O103:K+ [gbbct]: 1
Escherichia coli O115:K+ [gbbct]: 1
Escherichia coli O26:H11:K60 [gbbct]: 1
Escherichia coli O26 [gbbct]: 3
Escherichia coli O104:H12 [gbbct]: 1
Escherichia coli APEC O1 [gbbct]: 4890
Escherichia coli B [gbbct]: 11
Escherichia coli RS218 [gbbct]: 62
Escherichia coli K12 [gbbct]: 14
Escherichia coli O157:H7 [gbbct]: 346
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
7楼2012-08-30 08:56:49
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475502411

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yandz680717 at 2012-08-29 14:29:59
并不是把密码子改成大肠杆菌偏爱的密码子就ok了，还要做RNA二级结构分析。建议你请合成引物或者基因的公司给你优化

那用不用考虑所选择的载体？宿主？
谢谢
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
8楼2012-08-30 08:59:41
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tanglian8655

金虫 (正式写手)
稀有密码子过多的话，用表达菌株rosetta试一试吧，专门针对稀有密码子的
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9楼2012-08-30 09:56:06
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tanglian8655

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
475502411: 金币+5 2012-08-30 11:09:28
稀有密码子过多的话，用表达菌株rosetta试一试吧，专门针对稀有密码子的
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10楼2012-08-30 09:56:30
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