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汕头大学海洋科学接受调剂
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铁虫 (小有名气)

[求助] 如何在一个晶胞的中间位置加入一个小分子水分子?最好是中间位置

Sample Text
如题,想在一个10*10*10的盒子中加入一个小分子,比如水分子,
1、怎样才可以刚好放到中间位置呢?我想进一步用DMOL3 来计算它的热力学性质,位置的不一样还有影响么?
2、我用MS画的水分子的结构式,这个肯定不是标准的H2O分子结构,是不是最好优化之后再加入到晶胞里面呢?
很糊涂,不知道该怎么办 ,求各位大侠出手帮助,在此先谢过了
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金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-08-22 09:08:07
1.格子大小确定后,中心的坐标就可以计算出来。先在格子里画个氧原子,properties里面可以修改O的坐标,把中心坐标填上,补上H。位置不一样没有影响。
2. 优化放进去,还是放进去再优化,也没影响。就这么一个水分子的体系,试着算一下比较一下角度键长电荷分布啥的,几分钟就清楚了。学习的过程嘛
2楼2012-08-21 22:52:53
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