版块导航
正在加载中...
客户端APP下载
论文辅导
调剂小程序
登录
注册
帖子
帖子
用户
本版
应《网络安全法》要求,自2017年10月1日起,未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用,请尽快对帐号进行手机号验证,感谢您的理解与支持!
24小时热门版块排行榜
>
论坛更新日志
(3093)
>
虫友互识
(208)
>
文献求助
(181)
>
导师招生
(95)
>
基金申请
(90)
>
硕博家园
(70)
>
考博
(54)
>
休闲灌水
(38)
>
博后之家
(31)
>
考研
(19)
>
论文投稿
(17)
>
海外博后
(16)
>
招聘信息布告栏
(16)
>
教师之家
(15)
>
论文道贺祈福
(12)
>
留学DIY
(10)
小木虫论坛-学术科研互动平台
»
计算模拟区
»
分子模拟
»
CPMD/CP2K
»
请问:SCLAE S=2,对于三维体系,意思是建一个2*2*2的超晶胞吗?
10
1/1
返回列表
查看: 2578 | 回复: 9
只看楼主
@他人
存档
新回复提醒
(忽略)
收藏
在APP中查看
xiaowu787
木虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1406.9
帖子: 550
在线: 430.3小时
虫号: 326816
[交流]
请问:SCLAE S=2,对于三维体系,意思是建一个2*2*2的超晶胞吗?
请问:SCLAE S=2,对于三维体系,意思是建一个2*2*2的超晶胞吗?对于二维体系,CELL怎么写呢?谢谢
回复此楼
» 猜你喜欢
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有11人回复
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有10人回复
同年申请2项不同项目,第1个项目里不写第2个项目的信息,可以吗
已经有9人回复
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有11人回复
表哥与省会女结婚,父母去帮带孩子被省会女气回家生重病了
已经有7人回复
天津大学招2026.09的博士生,欢迎大家推荐交流(博导是本人)
已经有9人回复
有院领导为了换新车,用横向课题经费买了俩车
已经有10人回复
AI 太可怕了,写基金时,提出想法,直接生成的文字比自己想得深远,还有科学性
已经有6人回复
高级回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
请问定向和委托培养一样吗
已经有10人回复
请问如何根据XRD计算多晶粉末的ordering parameter
已经有5人回复
请问胶体烘干成膜后为什么表面凹凸不平?
已经有8人回复
提供electronically available Supporting Informatio什么意思?怎么做?
已经有15人回复
万能的小木虫啊,请告诉我,RGO的拉曼光谱究竟表达了怎样的意思啊?
已经有9人回复
请问:透射电镜衍射斑如何区分铁素体和奥氏体
已经有8人回复
黄意欢的茶学实验技术中茶色素的测量,那三个公式到底什么意思呢?
已经有18人回复
请大家帮助看看编辑返回的意见是什么意思?
已经有19人回复
周期性体系中的缺陷赋电荷问题
已经有5人回复
catia,大家怎么看待的!?三维建模你们用神马?
已经有29人回复
大家帮帮我,谢谢。opus进行定性分析,结果显示阈值1阈值2,s,d。这些值什么意思?
已经有3人回复
求助一个体系相图,K2O-TiO2体系
已经有4人回复
新手求MS中如何画TiO2的三维晶体结构
已经有4人回复
» 抢金币啦!回帖就可以得到:
查看全部散金贴
医学超声影像负责人招聘-中国科学院赣江创新研究院
+
1
/985
西湖大学拓扑光学、非厄米光学、太赫兹方向博士后招聘
+
2
/290
湖南大学材料院陶益杰老师招收2026年联合培养硕士学生一名
+
1
/182
华南师范大学(211)- 光电科学与工程学院 - 申请审核制(2026年4-5月份面试考核)
+
2
/108
人间烟火,实则就是追求最简单的快乐
+
1
/79
广州大学“长江学者”教授团队2026年海内外高层次人才招聘(环境/化学/生物)
+
1
/78
欢迎报考南京农业大学植物环境适应课题组课题组2026级博士生。
+
1
/76
澳大利亚麦考瑞大学(Macquarie University)国际博士硕士全额奖学金-计算机-26年中开学
+
1
/38
北京工业大学化生学院青年教师或“青年优秀人才”招聘启事
+
1
/36
有没有人做过这种结构的顺式体向反式体的转化?
+
1
/36
大叔征婚
+
1
/36
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生
+
1
/10
新加坡 南洋理工大学- 智能光子/ 传感 PHD 全奖一名 2026 - 8 月入学
+
1
/9
江汉大学轩亮教授课题组招博士研究生/博士后
+
1
/4
美国密苏里大学“柔性电子”课题组诚招博士研究生
+
1
/3
2026年 陕西科技大学 环境学院 招收博士生(化学/材料/环境/生物 背景均可)
+
1
/3
北京信息科技大学仪器科学与光电工程学院【周哲海】教授团队招收博士研究生
+
1
/3
上海科技大学于游课题组招收生物与医药工程博士
+
1
/2
澳科大招收2026年秋季入学生物材料方向全奖博士研究生(3月5日截止)
+
1
/1
美国密苏里大学“柔性电子”课题组诚聘博士研究生和博士后
+
1
/1
1楼
2011-07-07 08:33:09
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
ChemiAndy
木虫
(正式写手)
模拟EPI: 40
应助: 52
(初中生)
金币: 2573.3
帖子: 590
在线: 553.8小时
虫号: 836907
★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币
+1
):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-07 15:43:17
Manual:
SCALE [CARTESIAN] [S=sascale] [SX=sxscale] [SY=syscale] [SZ=szscale]
Scale atomic coordinates of the system with the lattice constants
不是建超胞,而是每一个原子的坐标乘以一个系数。整个晶胞尺寸会变大,但原子数不变。没玩过二维的CELL。
赞
一下
(2人)
回复此楼
» 本帖已获得的红花(最新10朵)
xiaorongwei
2楼
2011-07-07 10:19:39
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
xiaorongwei
金虫
(初入文坛)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 1066.1
帖子: 42
在线: 21小时
虫号: 1312521
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2011-07-07 10:19:39:
Manual:
SCALE [CARTESIAN] [S=sascale] [SX=sxscale] [SY=syscale] [SZ=szscale]
Scale atomic coordinates of the system with the lattice constants
不是建超胞,而是每一个原子的坐标乘以一个系数。整 ...
那么计算模型怎么确定呢,例如超晶胞,是通过给出的原子数及它们的坐标吗?
CODE:
&ATOMS
*Si_MT_LDA.psp KLEINMAN-BYLANDER
LMAX=P
16
0.00 0.00 0.00
0.25 0.25 0.25
1.00 0.00 0.00
1.25 0.25 0.25
0.00 1.00 0.00
0.25 1.25 0.25
1.00 1.00 0.00
1.25 1.25 0.25
0.00 0.00 1.00
0.25 0.25 1.25
1.00 0.00 1.00
1.25 0.25 1.25
0.00 1.00 1.00
0.25 1.25 1.25
1.00 1.00 1.00
1.25 1.25 1.25
&END
赞
一下
回复此楼
3楼
2011-07-09 21:24:19
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
ChemiAndy
木虫
(正式写手)
模拟EPI: 40
应助: 52
(初中生)
金币: 2573.3
帖子: 590
在线: 553.8小时
虫号: 836907
★ ★ ★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币+2): 谢谢解答 2011-07-10 08:45:52
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-10 20:34:12
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-10 20:34:36
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子,给出所有原子的坐标,盒子的真实大小。
Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如,建立一个单胞,但不知道这个单胞的大小合适不合适,就要取一系列scaling factor(e.g. 0.9, 1.0, 1.1...) 改变盒子大小,计算能量,看看盒子在哪种尺寸下能量最低。
赞
一下
(2人)
回复此楼
4楼
2011-07-10 03:00:35
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
xk6891
至尊木虫
(著名写手)
模拟EPI: 1
应助: 0
(幼儿园)
金币: 13735.8
帖子: 1514
在线: 546小时
虫号: 890342
★
xiaowu787(金币
+1
):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子,给出所有原子的坐标,盒子的真实大小。
Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如,建立一个单胞,但不知道这个单胞的大小合适不合适,就要取一系列scaling factor ...
师兄,是只改变盒子的大小,中间的原子坐标乘以scale值了么?
赞
一下
(1人)
回复此楼
5楼
2011-07-10 10:35:45
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
xiaowu787
木虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1406.9
帖子: 550
在线: 430.3小时
虫号: 326816
引用回帖:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子,给出所有原子的坐标,盒子的真实大小。
Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如,建立一个单胞,但不知道这个单胞的大小合适不合适,就要取一系列scaling factor ...
这样的话,进行一个计算之前,需要测试的量也不少呀,EMASS, CUTOFF, SCALE ....
参考文献的结果,想计算一个固-固界面的模型,大概将近300-400个原子,20个核CPMD能不能计算得了
下面是参考文献
CODE:
The calculations are performed on periodically repeated slabs with three Cu, four O, and three Mg layers. The Cu layers contain 7*7 atoms and the Mg and O layers contain 6*6 atoms within the unit cell [8]. The slabs are separated by a “vacuum” layer of width 6.2 Å. In the starting configuration, the 147 Cu and 252 MgO atoms 共399个原子
赞
一下
回复此楼
6楼
2011-07-10 11:22:44
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
ChemiAndy
木虫
(正式写手)
模拟EPI: 40
应助: 52
(初中生)
金币: 2573.3
帖子: 590
在线: 553.8小时
虫号: 836907
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-07-10 20:34:28
xiaowu787(金币+2): 谢谢 2011-07-11 17:23:53
引用回帖:
Originally posted by
xk6891
at 2011-07-09 14:35:45:
师兄,是只改变盒子的大小,中间的原子坐标乘以scale值了么?
MANUAL是这么写的。你可以做个简单的测试。
To 楼上的,计算时间也是要做测试的。看看每一步耗时多少,总共需要多少步。
[
Last edited by ChemiAndy on 2011-7-9 at 19:41
]
赞
一下
(1人)
回复此楼
7楼
2011-07-10 15:39:19
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
xk6891
至尊木虫
(著名写手)
模拟EPI: 1
应助: 0
(幼儿园)
金币: 13735.8
帖子: 1514
在线: 546小时
虫号: 890342
xiaowu787(金币+1): 谢谢参与 2011-07-11 17:24:04
引用回帖:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2011-07-10 15:39:19:
MANUAL是这么写的。你可以做个简单的测试。
To 楼上的,计算时间也是要做测试的。看看每一步耗时多少,总共需要多少步。
[
Last edited by ChemiAndy on 2011-7-9 at 19:41
]
OK
,谢谢师兄
回复此楼
8楼
2011-07-10 16:20:19
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
xiaowu787
木虫
(正式写手)
应助: 1
(幼儿园)
金币: 1406.9
帖子: 550
在线: 430.3小时
虫号: 326816
引用回帖:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子,给出所有原子的坐标,盒子的真实大小。
Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如,建立一个单胞,但不知道这个单胞的大小合适不合适,就要取一系列scaling factor ...
如果盒子是测试得到的结果,那么对于体系中NVE,NVT,NPT系综混合使用时-即有时保持体积不变,有时保持压强不变,这时盒子的大小感觉就不太好确定了。这时不知怎么确定scale?
赞
一下
回复此楼
9楼
2011-07-11 17:29:13
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
ChemiAndy
木虫
(正式写手)
模拟EPI: 40
应助: 52
(初中生)
金币: 2573.3
帖子: 590
在线: 553.8小时
虫号: 836907
★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币+3): 明白了,谢谢 2011-07-12 08:02:52
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-07-12 17:19:04
引用回帖:
Originally posted by
xiaowu787
at 2011-07-10 21:29:13:
如果盒子是测试得到的结果,那么对于体系中NVE,NVT,NPT系综混合使用时-即有时保持体积不变,有时保持压强不变,这时盒子的大小感觉就不太好确定了。这时不知怎么确定scale?
不是盒子,是晶胞,优化晶胞参数,即三个轴的大小。属于构型优化,不是做MD。
MD模拟时盒子要变,没必要优化的很细,大致接近于实验密度就行了,不需要用到Scale这个命令。
赞
一下
(1人)
回复此楼
10楼
2011-07-12 06:59:13
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
相关版块跳转
第一性原理
量子化学
计算模拟
分子模拟
仿真模拟
程序语言
我要订阅楼主
xiaowu787
的主题更新
10
1/1
返回列表
如果回帖内容含有宣传信息,请如实选中。否则帐号将被全论坛禁言
普通表情
龙
兔
虎
猫
高级回复
(可上传附件)
百度网盘
|
360云盘
|
千易网盘
|
华为网盘
在新窗口页面中打开自己喜欢的网盘网站,将文件上传后,然后将下载链接复制到帖子内容中就可以了。
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭
确定