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xiaowu787

木虫 (正式写手)

[交流] 请问：SCLAE S=2，对于三维体系，意思是建一个2*2*2的超晶胞吗？

请问：SCLAE S=2，对于三维体系，意思是建一个2*2*2的超晶胞吗？对于二维体系，CELL怎么写呢？谢谢
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1楼 2011-07-07 08:33:09
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-07 15:43:17
Manual:
SCALE [CARTESIAN] [S=sascale] [SX=sxscale] [SY=syscale] [SZ=szscale]
Scale atomic coordinates of the system with the lattice constants

不是建超胞，而是每一个原子的坐标乘以一个系数。整个晶胞尺寸会变大，但原子数不变。没玩过二维的CELL。
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xiaorongwei
2楼2011-07-07 10:19:39
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-07 10:19:39:
Manual:
SCALE [CARTESIAN] [S=sascale] [SX=sxscale] [SY=syscale] [SZ=szscale]
Scale atomic coordinates of the system with the lattice constants

不是建超胞，而是每一个原子的坐标乘以一个系数。整 ...

那么计算模型怎么确定呢，例如超晶胞，是通过给出的原子数及它们的坐标吗？
CODE:
&ATOMS
*Si_MT_LDA.psp  KLEINMAN-BYLANDER
   LMAX=P
   16
   0.00 0.00 0.00
   0.25 0.25 0.25
   1.00 0.00 0.00
   1.25 0.25 0.25
   0.00 1.00 0.00
   0.25 1.25 0.25
   1.00 1.00 0.00
   1.25 1.25 0.25
   0.00 0.00 1.00
   0.25 0.25 1.25
   1.00 0.00 1.00
   1.25 0.25 1.25
   0.00 1.00 1.00
   0.25 1.25 1.25
   1.00 1.00 1.00
   1.25 1.25 1.25
&END
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3楼2011-07-09 21:24:19
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币+2): 谢谢解答 2011-07-10 08:45:52
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-10 20:34:12
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-10 20:34:36
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子，给出所有原子的坐标，盒子的真实大小。

Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如，建立一个单胞，但不知道这个单胞的大小合适不合适，就要取一系列scaling factor(e.g. 0.9, 1.0, 1.1...) 改变盒子大小，计算能量，看看盒子在哪种尺寸下能量最低。
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4楼2011-07-10 03:00:35
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★
xiaowu787(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子，给出所有原子的坐标，盒子的真实大小。

Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如，建立一个单胞，但不知道这个单胞的大小合适不合适，就要取一系列scaling factor ...

师兄，是只改变盒子的大小，中间的原子坐标乘以scale值了么？
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5楼2011-07-10 10:35:45
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子，给出所有原子的坐标，盒子的真实大小。

Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如，建立一个单胞，但不知道这个单胞的大小合适不合适，就要取一系列scaling factor ...

这样的话，进行一个计算之前，需要测试的量也不少呀，EMASS, CUTOFF, SCALE ....

参考文献的结果，想计算一个固－固界面的模型，大概将近300-400个原子，20个核CPMD能不能计算得了
下面是参考文献
CODE:
The calculations are performed on periodically repeated slabs with three Cu, four O, and three Mg layers. The Cu layers contain 7*7 atoms and the Mg and O layers  contain 6*6 atoms within the unit cell [8]. The slabs  are separated by a “vacuum” layer of width 6.2 Å. In the starting configuration, the 147 Cu and 252 MgO atoms 共399个原子
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6楼2011-07-10 11:22:44
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-07-10 20:34:28
xiaowu787(金币+2): 谢谢 2011-07-11 17:23:53
引用回帖:
Originally posted by xk6891 at 2011-07-09 14:35:45:
师兄，是只改变盒子的大小，中间的原子坐标乘以scale值了么？

MANUAL是这么写的。你可以做个简单的测试。

To 楼上的，计算时间也是要做测试的。看看每一步耗时多少，总共需要多少步。

[ Last edited by ChemiAndy on 2011-7-9 at 19:41 ]
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7楼2011-07-10 15:39:19
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)
xiaowu787(金币+1): 谢谢参与 2011-07-11 17:24:04
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-10 15:39:19:
MANUAL是这么写的。你可以做个简单的测试。

To 楼上的，计算时间也是要做测试的。看看每一步耗时多少，总共需要多少步。

[ Last edited by ChemiAndy on 2011-7-9 at 19:41 ]

OK,谢谢师兄
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8楼2011-07-10 16:20:19
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子，给出所有原子的坐标，盒子的真实大小。

Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如，建立一个单胞，但不知道这个单胞的大小合适不合适，就要取一系列scaling factor ...

如果盒子是测试得到的结果，那么对于体系中NVE，NVT,NPT系综混合使用时-即有时保持体积不变，有时保持压强不变，这时盒子的大小感觉就不太好确定了。这时不知怎么确定scale?
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9楼2011-07-11 17:29:13
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币+3): 明白了，谢谢 2011-07-12 08:02:52
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-07-12 17:19:04
引用回帖:
Originally posted by xiaowu787 at 2011-07-10 21:29:13:
如果盒子是测试得到的结果，那么对于体系中NVE，NVT,NPT系综混合使用时-即有时保持体积不变，有时保持压强不变，这时盒子的大小感觉就不太好确定了。这时不知怎么确定scale?

不是盒子，是晶胞，优化晶胞参数，即三个轴的大小。属于构型优化，不是做MD。

MD模拟时盒子要变，没必要优化的很细，大致接近于实验密度就行了，不需要用到Scale这个命令。
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10楼2011-07-12 06:59:13
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