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xiaowu787

木虫 (正式写手)


[交流] 请问:SCLAE S=2,对于三维体系,意思是建一个2*2*2的超晶胞吗?

请问:SCLAE S=2,对于三维体系,意思是建一个2*2*2的超晶胞吗?对于二维体系,CELL怎么写呢?谢谢
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-07 15:43:17
Manual:
SCALE [CARTESIAN] [S=sascale] [SX=sxscale] [SY=syscale] [SZ=szscale]
Scale atomic coordinates of the system with the lattice constants

不是建超胞,而是每一个原子的坐标乘以一个系数。整个晶胞尺寸会变大,但原子数不变。没玩过二维的CELL。

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2楼2011-07-07 10:19:39
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)


送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-07 10:19:39:
Manual:
SCALE [CARTESIAN] [S=sascale] [SX=sxscale] [SY=syscale] [SZ=szscale]
Scale atomic coordinates of the system with the lattice constants

不是建超胞,而是每一个原子的坐标乘以一个系数。整 ...

那么计算模型怎么确定呢,例如超晶胞,是通过给出的原子数及它们的坐标吗?
CODE:
&ATOMS
*Si_MT_LDA.psp  KLEINMAN-BYLANDER
   LMAX=P
   16
   0.00 0.00 0.00
   0.25 0.25 0.25
   1.00 0.00 0.00
   1.25 0.25 0.25
   0.00 1.00 0.00
   0.25 1.25 0.25
   1.00 1.00 0.00
   1.25 1.25 0.25
   0.00 0.00 1.00
   0.25 0.25 1.25
   1.00 0.00 1.00
   1.25 0.25 1.25
   0.00 1.00 1.00
   0.25 1.25 1.25
   1.00 1.00 1.00
   1.25 1.25 1.25
&END

3楼2011-07-09 21:24:19
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币+2): 谢谢解答 2011-07-10 08:45:52
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-10 20:34:12
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-10 20:34:36
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子,给出所有原子的坐标,盒子的真实大小。

Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如,建立一个单胞,但不知道这个单胞的大小合适不合适,就要取一系列scaling factor(e.g. 0.9, 1.0, 1.1...) 改变盒子大小,计算能量,看看盒子在哪种尺寸下能量最低。
4楼2011-07-10 03:00:35
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)


★
xiaowu787(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子,给出所有原子的坐标,盒子的真实大小。

Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如,建立一个单胞,但不知道这个单胞的大小合适不合适,就要取一系列scaling factor ...

师兄,是只改变盒子的大小,中间的原子坐标乘以scale值了么?
5楼2011-07-10 10:35:45
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xiaowu787

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子,给出所有原子的坐标,盒子的真实大小。

Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如,建立一个单胞,但不知道这个单胞的大小合适不合适,就要取一系列scaling factor ...

这样的话,进行一个计算之前,需要测试的量也不少呀,EMASS, CUTOFF, SCALE ....

参考文献的结果,想计算一个固-固界面的模型,大概将近300-400个原子,20个核CPMD能不能计算得了
下面是参考文献
CODE:
The calculations are performed on periodically repeated slabs with three Cu, four O, and three Mg layers. The Cu layers contain 7*7 atoms and the Mg and O layers  contain 6*6 atoms within the unit cell [8]. The slabs  are separated by a “vacuum” layer of width 6.2 Å. In the starting configuration, the 147 Cu and 252 MgO atoms 共399个原子

6楼2011-07-10 11:22:44
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-07-10 20:34:28
xiaowu787(金币+2): 谢谢 2011-07-11 17:23:53
引用回帖:
Originally posted by xk6891 at 2011-07-09 14:35:45:
师兄,是只改变盒子的大小,中间的原子坐标乘以scale值了么?

MANUAL是这么写的。你可以做个简单的测试。

To 楼上的,计算时间也是要做测试的。看看每一步耗时多少,总共需要多少步。

[ Last edited by ChemiAndy on 2011-7-9 at 19:41 ]
7楼2011-07-10 15:39:19
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)


xiaowu787(金币+1): 谢谢参与 2011-07-11 17:24:04
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-10 15:39:19:
MANUAL是这么写的。你可以做个简单的测试。

To 楼上的,计算时间也是要做测试的。看看每一步耗时多少,总共需要多少步。

[ Last edited by ChemiAndy on 2011-7-9 at 19:41 ]

OK,谢谢师兄
8楼2011-07-10 16:20:19
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xiaowu787

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-10 03:00:35:
对。需要用超胞就要先建超胞的盒子,给出所有原子的坐标,盒子的真实大小。

Scale通常是为了寻找合适的盒子大小时才用的。比如,建立一个单胞,但不知道这个单胞的大小合适不合适,就要取一系列scaling factor ...

如果盒子是测试得到的结果,那么对于体系中NVE,NVT,NPT系综混合使用时-即有时保持体积不变,有时保持压强不变,这时盒子的大小感觉就不太好确定了。这时不知怎么确定scale?
9楼2011-07-11 17:29:13
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★
xiaowu787(金币+3): 明白了,谢谢 2011-07-12 08:02:52
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-07-12 17:19:04
引用回帖:
Originally posted by xiaowu787 at 2011-07-10 21:29:13:
如果盒子是测试得到的结果,那么对于体系中NVE,NVT,NPT系综混合使用时-即有时保持体积不变,有时保持压强不变,这时盒子的大小感觉就不太好确定了。这时不知怎么确定scale?

不是盒子,是晶胞,优化晶胞参数,即三个轴的大小。属于构型优化,不是做MD。

MD模拟时盒子要变,没必要优化的很细,大致接近于实验密度就行了,不需要用到Scale这个命令。
10楼2011-07-12 06:59:13
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