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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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t13340033021

金虫 (正式写手)

[求助] 计算反应路径应该猜测出过渡态然后用IRC么

最近小虫在做一个笼状化合物，已经优化了某个分子在笼中的结构。想知道笼中分子跃出笼的能垒是多少
    请教各位用IRC还需要知道该笼内分子跃出笼路径的势能马鞍面，如果是，又如何寻找呢？

[ 来自科研家族 神龙鱼族馆 ]
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甲烷无敌
1楼 2012-08-15 23:48:39
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如这样还不如做个scan看能垒呢
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2楼2012-08-16 10:05:12
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t13340033021

金虫 (正式写手)
如果SCAN的话
笼分子的变化是不是就不能反映出来，还是需要用TS找到那个马鞍点再进行IRC？
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甲烷无敌
3楼2012-08-16 10:59:47
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kingleaves

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
t13340033021: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-08-26 16:55:08
用qst2来得到过渡态会比较容易些
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4楼2012-08-17 23:09:15
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luojin7653

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

计算过渡态 查看虚频 做irc
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今晚打老虎
5楼2012-08-19 11:33:59
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313588908

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

scan还是很有必要做的，可以发现能量变化趋势。然后找到能量较高的一些点，就可以找TS了。qst2相对就太盲目了。
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6楼2012-08-21 02:44:44
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t13340033021

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 313588908 at 2012-08-21 02:44:44
scan还是很有必要做的，可以发现能量变化趋势。然后找到能量较高的一些点，就可以找TS了。qst2相对就太盲目了。

做SCAN是不是太昂贵了
我的笼还是很柔性的，如果不考虑笼分子的变化只做笼内分子的SCAN也不太能反映问题吧
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甲烷无敌
7楼2012-08-21 16:50:17
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313588908

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
t13340033021: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-08-26 16:56:01
SCAN不昂贵吧，你只做单一坐标的扫描即可。我以前做过环糊精为客体的反应，就是在半径轴上的单一坐标的扫描。
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8楼2012-08-21 19:14:10
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t13340033021

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 313588908 at 2012-08-21 19:14:10
SCAN不昂贵吧，你只做单一坐标的扫描即可。我以前做过环糊精为客体的反应，就是在半径轴上的单一坐标的扫描。

你的是柱体，我的是笼。如果不考虑笼内分子脱离时笼的扩张，由于静电排斥，势垒不是一般的大吧
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甲烷无敌
9楼2012-08-22 16:44:19
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