| 查看: 4119 | 回复: 12 | |||||
[交流]
反应路径计算(NEB&CNEB)
|
|||||
|
最近的一篇文章是关于反应路径的，算了几条NEB，算了更多的CNEB. 文章投出前，趁热写出来，跟大家交流一下，欢迎批评指正。 （1）收敛速度 收敛速度有两个标准：开始计算到最后得到结果的时间；和开始计算到得到结果经历的总离子步数。我更关注第一个。 就我的金属氧化物体系来看，IOPT = 7的fire算法30步内有明显的收敛效果，100步出现定性结果。觉得比其他方法都快。 （2）测试计算 反应路径或者过渡态计算失败的机会很大。给出两个端点，直接拉一条线，一个run到终点就收敛，这样应该是走大运了。 NEB或者CNEB开始计算的时候多次出错，不是一件坏事情。这可能意味着我们开始的设想是错误的。克服这些困难，就离真相更近了，研究的意义就体现出来。我觉得有几点需要认真考虑： a. 两个端点是不是稳定的。有可能精度不够，或者该处“过于平坦”，收敛了，但是不是该领域的全局最小点。比如NEB中第二点或者第三点能量更低，但是他们与起点的几何构型很接近，那就果断停掉NEB，从第二点或者第三点结构优化，找新的起始点。 b. 计算方法导致的出错。有种情况，路径初设施合理的，但是计算方法或者流程上不合理，导致计算过程中出现错误。这种情况最容易在CNEB计算中发生。一开始就高精度加CLIMBING，导致整个路径严重偏离合理的范围。这个时候，我不清楚，坚持算下去会不会恢复到合理范围。我会选择停掉计算，擦掉眼泪和失去的时间，从头再来。避免这种错误出现的最好办法，是多观察中间结果，先从低精度快速收敛到一个较好的状态，保存中间结果慢慢推进。 (3)结果分析 按照CNEB收敛的，最高点应该就是过渡态了。可以计算虚频验证之。如果出现多过虚频，那最可能的，是收敛精度不够。一般我的EDIFFG=-0.03，不会超过两个虚频。 如果只有两三个虚频，分析一下各个频率对应的振动。如果是反应路劲上只有一个虚频，那应该就是可以了。如果还有其他虚频，应该也是极小的。 有一种说法，不知对不对：如果虚频对应的是整体的平移，就忽略之。 关于零点校正，我不确定是不是一定需要。我见过没有校正就发表的。也有不校正，校正，以及校正并考虑范德华力的过渡态计算。讨论的时候到底看什么，我并没有十足的把握。 我想，计算结果给出的能垒也只能是定性的，绝对值意义并不大。一般而言，一个体系里，关注点放在能量相对大小，得出定性结论就可以。 第一性原理过渡态能垒的绝对值到底有多大意义呢？希望各位发表意见。 [ Last edited by cenwanglai on 2012-7-26 at 19:35 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 计算化学-辅助工具 | VASP相关主题 |
» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
实验室接单子
已经有7人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
北核录用
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NEB计算问题求助
已经有7人回复
- Vasp NEB 计算前原子排序脚本
已经有8人回复
- 分享反应路径和过渡态计算JPCC论文一篇（附全套初稿及修改稿投稿文件）
已经有25人回复
- 含有激发态的反应路径计算的方法
已经有1人回复
- 反应路径计算：基态之间转变的谬误？
已经有2人回复
- CH4在Ir（111）表面的解离吸附过渡态计算：Henkelman的PRL文章
已经有10人回复
- 【文献学习】JACS上一篇纯DFT计算的文献： CI-NEB计算，Leuwdin布局分析，态密度分析
已经有30人回复
- 【求助】nudged elastic band 在CASTEP里怎么实现
已经有2人回复
- 【分享】Materials Studio5.0中的新技术
已经有10人回复
- 【讨论】NEB寻找过渡态专题讨论
已经有49人回复
- 【转帖】Materials Studio5.0中的新技术
已经有28人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
坐标济南，来碰碰运气
+1/446
-
中国科学院大学功能多孔组装材料实验室招聘启事
+2/308
-
柔性电子全国重点实验室（南邮）诚聘博士后（长期有效）
+2/148
-
原子层沉积（ALD）磁控溅射PECVD等微纳代工服务：18817872921
+1/82
-
北京航空航天大学教授课题组招生启事
+1/81
-
上海交通大学任垭萌课题组招聘申请-考核博士
+1/77
-
浙江师范大学国家杰青杨启华教授团队招收2026年博士研究生
+1/68
-
留学导师避雷——望传播
+1/58
-
上海科技大学物质科学与技术学院｜王平鸾课题组联合招聘博士后
+1/29
-
坐标济南，山东农科院招 有机合成 or 药物化学 联培硕士研究生
+1/20
-
香港科技大学 招生 2026 Fall全奖博士 -- 机械/电子/材料/化学
+1/16
-
2026博士招生-上海大学先进耐火材料全国重点实验室-招收冶金工程博士研究生-1-2名
+1/9
-
博士后招聘（高薪40万+）
+1/6
-
【招聘】西北农林科技大学罗自卫组招聘合成生物学与代谢工程研究方向青年教师/博士后
+1/6
-
湘潭大学国家级人才团队2026年博士研究生招生
+1/4
-
2026 博士自荐-机器人机构学方向
+1/3
-
中国科学院大学-杨晗课题组-诚聘-博士后、副研究员
+1/3
-
南京邮电大学材料科学与工程学院柔性电子研究所2026年招聘公告
+1/3
-
[招募] 上海交通大学环境健康课题组科研实习生（环境健康与生物学大数据方向）
+1/1
-
浙江大学化学系金一政课题组招聘科研助理
+1/1
5楼2012-07-26 11:31:20
2楼2012-07-26 07:51:00
3楼2012-07-26 08:42:13
4楼2012-07-26 08:49:59
6楼2012-07-26 19:12:33
7楼2012-07-27 10:17:09
8楼2012-07-27 12:27:15
9楼2012-07-27 12:28:38
10楼2012-07-27 15:39:39
11楼2012-09-05 20:14:43
12楼2012-09-06 09:36:02
13楼2012-09-06 09:38:10