| 查看: 4265 | 回复: 12 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[交流]
反应路径计算(NEB&CNEB)
|
|||||
|
最近的一篇文章是关于反应路径的，算了几条NEB，算了更多的CNEB. 文章投出前，趁热写出来，跟大家交流一下，欢迎批评指正。 （1）收敛速度 收敛速度有两个标准：开始计算到最后得到结果的时间；和开始计算到得到结果经历的总离子步数。我更关注第一个。 就我的金属氧化物体系来看，IOPT = 7的fire算法30步内有明显的收敛效果，100步出现定性结果。觉得比其他方法都快。 （2）测试计算 反应路径或者过渡态计算失败的机会很大。给出两个端点，直接拉一条线，一个run到终点就收敛，这样应该是走大运了。 NEB或者CNEB开始计算的时候多次出错，不是一件坏事情。这可能意味着我们开始的设想是错误的。克服这些困难，就离真相更近了，研究的意义就体现出来。我觉得有几点需要认真考虑： a. 两个端点是不是稳定的。有可能精度不够，或者该处“过于平坦”，收敛了，但是不是该领域的全局最小点。比如NEB中第二点或者第三点能量更低，但是他们与起点的几何构型很接近，那就果断停掉NEB，从第二点或者第三点结构优化，找新的起始点。 b. 计算方法导致的出错。有种情况，路径初设施合理的，但是计算方法或者流程上不合理，导致计算过程中出现错误。这种情况最容易在CNEB计算中发生。一开始就高精度加CLIMBING，导致整个路径严重偏离合理的范围。这个时候，我不清楚，坚持算下去会不会恢复到合理范围。我会选择停掉计算，擦掉眼泪和失去的时间，从头再来。避免这种错误出现的最好办法，是多观察中间结果，先从低精度快速收敛到一个较好的状态，保存中间结果慢慢推进。 (3)结果分析 按照CNEB收敛的，最高点应该就是过渡态了。可以计算虚频验证之。如果出现多过虚频，那最可能的，是收敛精度不够。一般我的EDIFFG=-0.03，不会超过两个虚频。 如果只有两三个虚频，分析一下各个频率对应的振动。如果是反应路劲上只有一个虚频，那应该就是可以了。如果还有其他虚频，应该也是极小的。 有一种说法，不知对不对：如果虚频对应的是整体的平移，就忽略之。 关于零点校正，我不确定是不是一定需要。我见过没有校正就发表的。也有不校正，校正，以及校正并考虑范德华力的过渡态计算。讨论的时候到底看什么，我并没有十足的把握。 我想，计算结果给出的能垒也只能是定性的，绝对值意义并不大。一般而言，一个体系里，关注点放在能量相对大小，得出定性结论就可以。 第一性原理过渡态能垒的绝对值到底有多大意义呢？希望各位发表意见。 [ Last edited by cenwanglai on 2012-7-26 at 19:35 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 计算化学-辅助工具 | VASP相关主题 |
» 猜你喜欢
070300化学319求调剂
已经有7人回复
-
08工科 320总分 求调剂
已经有6人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有12人回复
-
307求调剂
已经有3人回复
-
265求调剂
已经有3人回复
-
301求调剂
已经有10人回复
-
303求调剂
已经有7人回复
-
材料工程（专）一志愿985 初试335求调剂
已经有4人回复
-
299求调剂
已经有6人回复
-
083200学硕321分一志愿暨南大学求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NEB计算问题求助
已经有7人回复
- Vasp NEB 计算前原子排序脚本
已经有8人回复
- 分享反应路径和过渡态计算JPCC论文一篇（附全套初稿及修改稿投稿文件）
已经有25人回复
- 含有激发态的反应路径计算的方法
已经有1人回复
- 反应路径计算：基态之间转变的谬误？
已经有2人回复
- CH4在Ir（111）表面的解离吸附过渡态计算：Henkelman的PRL文章
已经有10人回复
- 【文献学习】JACS上一篇纯DFT计算的文献： CI-NEB计算，Leuwdin布局分析，态密度分析
已经有30人回复
- 【求助】nudged elastic band 在CASTEP里怎么实现
已经有2人回复
- 【分享】Materials Studio5.0中的新技术
已经有10人回复
- 【讨论】NEB寻找过渡态专题讨论
已经有49人回复
- 【转帖】Materials Studio5.0中的新技术
已经有28人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
青岛高校2026招生硕士研究生
+5/780
-
本子终于提交了。不用再看了，一切闲下来慢慢等。希望一切顺利！
+1/641
-
中国科学院杭州医学研究-常皓研究员课题组博士后招聘
+1/281
-
祈福2026国基面上项目
+5/155
-
浙江大学侯阳教授团队诚聘博士后---高性能固态电解质与固态电池器件设计
+1/84
-
坐标广州，男征女，双向奔赴
+1/66
-
西北大学化学与材料科学学院博士招生（还有两个名额，3月30日截至）
+1/63
-
散金币，求基金中标！！
+1/61
-
飘在美国，有点想家
+1/52
-
武汉高校接受研究生调剂，材料、化学、纺织方向
+2/50
-
光学工程学硕调剂信息
+2/42
-
河南工学院诚聘优秀凝聚态物理和电子科学与技术相关专业硕博研究生
+2/38
-
湘潭大学“过程强化与绿色化工”创新团队补招2026年秋入学博士生
+1/35
-
北京某研究院生物化学与分子生物学相关专业申请考核制博士招生（春季）
+1/12
-
教育部长江学者和创新团队发展计划”入选团队招收 材料，化学与化工博士研究生
+1/7
-
三峡大学 计算力学课题组招收调剂（力学/水利/土木/计算机/机械/电子信息）
+1/7
-
华中科技大学管理学院招聘社会用工（科研助理）1名
+1/5
-
【科研干货】纳米抗体凭什么成为实验室“新宠”？附优质制备服务商参考
+1/4
-
中科院上海微系统所材料生长理论与仿真课题组-博士后招聘（材料计算与AI4S）
+1/2
-
MTI 380调剂
+1/2
11楼2012-09-05 20:14:43
2楼2012-07-26 07:51:00
3楼2012-07-26 08:42:13
4楼2012-07-26 08:49:59
