| 查看: 4889 | 回复: 12 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[交流]
反应路径计算(NEB&CNEB)
|
|||||
|
最近的一篇文章是关于反应路径的，算了几条NEB，算了更多的CNEB. 文章投出前，趁热写出来，跟大家交流一下，欢迎批评指正。 （1）收敛速度 收敛速度有两个标准：开始计算到最后得到结果的时间；和开始计算到得到结果经历的总离子步数。我更关注第一个。 就我的金属氧化物体系来看，IOPT = 7的fire算法30步内有明显的收敛效果，100步出现定性结果。觉得比其他方法都快。 （2）测试计算 反应路径或者过渡态计算失败的机会很大。给出两个端点，直接拉一条线，一个run到终点就收敛，这样应该是走大运了。 NEB或者CNEB开始计算的时候多次出错，不是一件坏事情。这可能意味着我们开始的设想是错误的。克服这些困难，就离真相更近了，研究的意义就体现出来。我觉得有几点需要认真考虑： a. 两个端点是不是稳定的。有可能精度不够，或者该处“过于平坦”，收敛了，但是不是该领域的全局最小点。比如NEB中第二点或者第三点能量更低，但是他们与起点的几何构型很接近，那就果断停掉NEB，从第二点或者第三点结构优化，找新的起始点。 b. 计算方法导致的出错。有种情况，路径初设施合理的，但是计算方法或者流程上不合理，导致计算过程中出现错误。这种情况最容易在CNEB计算中发生。一开始就高精度加CLIMBING，导致整个路径严重偏离合理的范围。这个时候，我不清楚，坚持算下去会不会恢复到合理范围。我会选择停掉计算，擦掉眼泪和失去的时间，从头再来。避免这种错误出现的最好办法，是多观察中间结果，先从低精度快速收敛到一个较好的状态，保存中间结果慢慢推进。 (3)结果分析 按照CNEB收敛的，最高点应该就是过渡态了。可以计算虚频验证之。如果出现多过虚频，那最可能的，是收敛精度不够。一般我的EDIFFG=-0.03，不会超过两个虚频。 如果只有两三个虚频，分析一下各个频率对应的振动。如果是反应路劲上只有一个虚频，那应该就是可以了。如果还有其他虚频，应该也是极小的。 有一种说法，不知对不对：如果虚频对应的是整体的平移，就忽略之。 关于零点校正，我不确定是不是一定需要。我见过没有校正就发表的。也有不校正，校正，以及校正并考虑范德华力的过渡态计算。讨论的时候到底看什么，我并没有十足的把握。 我想，计算结果给出的能垒也只能是定性的，绝对值意义并不大。一般而言，一个体系里，关注点放在能量相对大小，得出定性结论就可以。 第一性原理过渡态能垒的绝对值到底有多大意义呢？希望各位发表意见。 [ Last edited by cenwanglai on 2012-7-26 at 19:35 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 计算化学-辅助工具 | VASP相关主题 |
» 猜你喜欢
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有13人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有7人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有20人回复
-
科研孤儿太难了
已经有18人回复
-
看来今天不会放榜了？
已经有11人回复
-
时间戳又变了
已经有19人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有14人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有13人回复
-
人气不行了
已经有7人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有12人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NEB计算问题求助
已经有7人回复
- Vasp NEB 计算前原子排序脚本
已经有8人回复
- 分享反应路径和过渡态计算JPCC论文一篇（附全套初稿及修改稿投稿文件）
已经有25人回复
- 含有激发态的反应路径计算的方法
已经有1人回复
- 反应路径计算：基态之间转变的谬误？
已经有2人回复
- CH4在Ir（111）表面的解离吸附过渡态计算：Henkelman的PRL文章
已经有10人回复
- 【文献学习】JACS上一篇纯DFT计算的文献： CI-NEB计算，Leuwdin布局分析，态密度分析
已经有30人回复
- 【求助】nudged elastic band 在CASTEP里怎么实现
已经有2人回复
- 【分享】Materials Studio5.0中的新技术
已经有10人回复
- 【讨论】NEB寻找过渡态专题讨论
已经有49人回复
- 【转帖】Materials Studio5.0中的新技术
已经有28人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
基金申请小调查！预祝申请必定中中中！！祈福！！！
+5/505
-
坐标北京诚征男友
+1/116
-
山东征女友，坐标济南
+1/91
-
上海交通大学张航课题组招聘博士后（电化学储能）
+1/90
-
Polymers 期刊特刊 组稿
+1/80
-
哈尔滨工业大学（校本部）电子与信息工程学院2027级博士招生
+1/66
-
强耀生物金秋开学季活动，2026年8月18日-10月31日，肽库筛选低至2W5
+3/52
-
面上基金祈福
+1/45
-
瑞典-博后-固态电池-粘结剂-锂离子电池方向
+1/40
-
瑞典-博后-固态电池-粘结剂-锂离子电池方向
+1/37
-
南京理工大学优青团队催化化学方向招收推免研究生
+1/27
-
2027环境工程博士申请
+1/8
-
南方医科大学深圳医院陈烨/余涛教授课题组联合培养博士后招聘
+1/6
-
南京大学 智能驱动与感知材料实验室 诚招申请考核博士生/科研助理/博士后
+1/4
-
北京理工大学-集成电路与电子学院杰青团队-招博士后
+1/3
-
北理工集成电路杰青团队 | 诚招科助理
+1/2
-
深圳大学特聘教授课题组专任教师及博士后招聘
+1/2
-
河海大学海洋环境污染与生态毒理学研究组招收2027级硕士生 及博士研究生
+1/2
-
基因组大数据解析：从深渊鱼类到AI蛋白质设计-AI本地大模型部署内存到底要多大
+1/2
-
【产品测评分享】体外转录产量不理想、dsRNA 副产物高？T7 RNA 聚合酶实测体验
+1/1
10楼2012-07-27 15:39:39
2楼2012-07-26 07:51:00
3楼2012-07-26 08:42:13
4楼2012-07-26 08:49:59
