| 查看: 4258 | 回复: 12 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[交流]
反应路径计算(NEB&CNEB)
|
|||||
|
最近的一篇文章是关于反应路径的，算了几条NEB，算了更多的CNEB. 文章投出前，趁热写出来，跟大家交流一下，欢迎批评指正。 （1）收敛速度 收敛速度有两个标准：开始计算到最后得到结果的时间；和开始计算到得到结果经历的总离子步数。我更关注第一个。 就我的金属氧化物体系来看，IOPT = 7的fire算法30步内有明显的收敛效果，100步出现定性结果。觉得比其他方法都快。 （2）测试计算 反应路径或者过渡态计算失败的机会很大。给出两个端点，直接拉一条线，一个run到终点就收敛，这样应该是走大运了。 NEB或者CNEB开始计算的时候多次出错，不是一件坏事情。这可能意味着我们开始的设想是错误的。克服这些困难，就离真相更近了，研究的意义就体现出来。我觉得有几点需要认真考虑： a. 两个端点是不是稳定的。有可能精度不够，或者该处“过于平坦”，收敛了，但是不是该领域的全局最小点。比如NEB中第二点或者第三点能量更低，但是他们与起点的几何构型很接近，那就果断停掉NEB，从第二点或者第三点结构优化，找新的起始点。 b. 计算方法导致的出错。有种情况，路径初设施合理的，但是计算方法或者流程上不合理，导致计算过程中出现错误。这种情况最容易在CNEB计算中发生。一开始就高精度加CLIMBING，导致整个路径严重偏离合理的范围。这个时候，我不清楚，坚持算下去会不会恢复到合理范围。我会选择停掉计算，擦掉眼泪和失去的时间，从头再来。避免这种错误出现的最好办法，是多观察中间结果，先从低精度快速收敛到一个较好的状态，保存中间结果慢慢推进。 (3)结果分析 按照CNEB收敛的，最高点应该就是过渡态了。可以计算虚频验证之。如果出现多过虚频，那最可能的，是收敛精度不够。一般我的EDIFFG=-0.03，不会超过两个虚频。 如果只有两三个虚频，分析一下各个频率对应的振动。如果是反应路劲上只有一个虚频，那应该就是可以了。如果还有其他虚频，应该也是极小的。 有一种说法，不知对不对：如果虚频对应的是整体的平移，就忽略之。 关于零点校正，我不确定是不是一定需要。我见过没有校正就发表的。也有不校正，校正，以及校正并考虑范德华力的过渡态计算。讨论的时候到底看什么，我并没有十足的把握。 我想，计算结果给出的能垒也只能是定性的，绝对值意义并不大。一般而言，一个体系里，关注点放在能量相对大小，得出定性结论就可以。 第一性原理过渡态能垒的绝对值到底有多大意义呢？希望各位发表意见。 [ Last edited by cenwanglai on 2012-7-26 at 19:35 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 计算化学-辅助工具 | VASP相关主题 |
» 猜你喜欢
材料与化工专硕调剂
已经有6人回复
-
086500 325 求调剂
已经有3人回复
-
材料080500调剂求收留
已经有7人回复
-
一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600
已经有6人回复
-
环境工程调剂
已经有9人回复
-
工科材料085601 279求调剂
已经有9人回复
-
287求调剂
已经有5人回复
-
22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术
已经有3人回复
-
289求调剂
已经有3人回复
-
317求调剂
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NEB计算问题求助
已经有7人回复
- Vasp NEB 计算前原子排序脚本
已经有8人回复
- 分享反应路径和过渡态计算JPCC论文一篇（附全套初稿及修改稿投稿文件）
已经有25人回复
- 含有激发态的反应路径计算的方法
已经有1人回复
- 反应路径计算：基态之间转变的谬误？
已经有2人回复
- CH4在Ir（111）表面的解离吸附过渡态计算：Henkelman的PRL文章
已经有10人回复
- 【文献学习】JACS上一篇纯DFT计算的文献： CI-NEB计算，Leuwdin布局分析，态密度分析
已经有30人回复
- 【求助】nudged elastic band 在CASTEP里怎么实现
已经有2人回复
- 【分享】Materials Studio5.0中的新技术
已经有10人回复
- 【讨论】NEB寻找过渡态专题讨论
已经有49人回复
- 【转帖】Materials Studio5.0中的新技术
已经有28人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
福建师范大学叶应祥课题组招收2026级博士研究生
+2/168
-
福建师范大学叶应祥课题组招收2026级博士研究生
+2/168
-
中国电气装备集团研究院招收AI+材料等相关岗位实习生
+1/89
-
重庆医科大学神经科学中心/病生与生理系诚邀海内外优秀博士加盟博士后队伍（长期）
+1/81
-
【代人发帖勿站内信】【成都征男友】89年未婚博士漂亮女孩
+1/69
-
中国药科大学211-课题组招收2026博士/硕士-有机化学
+1/52
-
欢迎交流咨询
+1/47
-
西安某大学能源化工新材料研发项目组接收2026级调剂研究生-计算机类
+1/36
-
催化方向推荐一个极好的博导
+1/34
-
从专科一路到211硕士，到TOP5博士，也想进高校体制
+1/32
-
中国科学院杭州医学研究所覃江江课题组招聘博士后
+1/31
-
招聘科研助理——储能方向（储能、流体传热、CFD模拟）
+1/19
-
湖南大学微生物结构与功能实验室2026年计划招收博士研究生
+1/16
-
中国农科院兰州牧药所兽药创新与耐药性科研团队聘科研助理，急急急！
+1/11
-
2026年西南科技大学功能涂层课题组简介
+1/10
-
新加坡国立大学药学系化学生物学课题组招PhD
+1/7
-
26年申博自荐-计算机视觉
+1/6
-
武汉纺织大学纺织纤维及制品教育部重点实验室招收博士研究生
+1/4
-
武汉纺织大学杰青团队招研究生（材料，化学，高分子，化工）
+1/2
-
南京林业大学木质纤维功能材料国际联合创新中心招收2026级博士生（申请-考核制）
+2/2
9楼2012-07-27 12:28:38
2楼2012-07-26 07:51:00
3楼2012-07-26 08:42:13
4楼2012-07-26 08:49:59
