应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs NPT 系综如何模拟？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2014  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs NPT 系综如何模拟？

; Pressure coupling is on
Pcoupl              =  berendsen
pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  1
compressibility     =  4.5e-5
ref_p               =  1    ; simulation P

这样可以吗？
请高手详细指导一下，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-08-14 10:56:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
mengsk: 金币+2, ★★★很有帮助, 你的回答很给力，谢谢哈，就是为啥头像是个mm呢？ 2012-08-14 21:49:21
引用回帖:
6楼: Originally posted by mengsk at 2012-08-14 21:32:26
Pcoupl              =  berendsen， 就是恒压，盒子体积会发生变化吧...

是啊，恒压设置盒子的体积肯定会变化，如果设置正确的话，模拟盒子的边长会组建趋于稳定。
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-14 21:43:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

duotojh

金虫 (小有名气)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-14 14:38:31
你这好象只有温度耦合，应该还要加温度耦合的参数设置，
具体怎么应该和你设置压强耦合参数有点相似，gromacs
online manual上有介绍
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-14 14:32:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-14 16:09:21
mengsk: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2012-08-14 21:30:14
楼上好像打字打错了，“你这好象只有温度耦合”，应该是“你这好象只有压强耦合”；
但是楼上提示的非常正确。NPT系宗，就是固定的原子个数，固定的压强和温度。

再问楼主几个问题，你能解释清楚“; Pressure coupling is on
Pcoupl              =  berendsen
pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  1
compressibility     =  4.5e-5
ref_p               =  1    ; simulation P

”
这段设置是什么意思吗？
然后你清楚你模拟要设置的条件吗？
清楚了你就知道你的设置是否正确了。
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-14 14:43:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-14 14:43:16
楼上好像打字打错了，“你这好象只有温度耦合”，应该是“你这好象只有压强耦合”；
但是楼上提示的非常正确。NPT系宗，就是固定的原子个数，固定的压强和温度。

再问楼主几个问题，你能解释清楚“; Pressure c ...

; Berendsen temperature coupling is on in three groups
Tcoupl              =  berendsen
tau_t               =  0.2
tc_grps             =  system
ref_t               =  300   ; simulation T
; Pressure coupling is on
Pcoupl              =  berendsen
pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  1
compressibility     =  4.5e-5
ref_p               =  1    ; simulation P

这样就是NPT了吧？
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
4楼2012-08-14 15:20:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 344求调剂 +5 魏子per 2026-04-07 5/250 2026-04-07 12:25 by yaofull
[考研] 288求调剂 +10 没有答案_ 2026-04-05 10/500 2026-04-07 10:21 by linyelide
[考研] 277求调剂 数一104分 +9 瓶子PZ 2026-04-05 13/650 2026-04-06 23:48 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +10 一样YWY 2026-04-06 10/500 2026-04-06 21:05 by lbsjt
[考研] 285求调剂 +8 AZMK 2026-04-04 11/550 2026-04-06 13:56 by BruceLiu320
[考研] 0817化学工程与技术求调剂，一志愿中海洋319 +14 lv945 2026-04-04 14/700 2026-04-06 10:20 by 蓝云思雨
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +8 vants 2026-04-05 8/400 2026-04-06 06:17 by houyaoxu
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +13 洛神哥哥 2026-04-03 13/650 2026-04-05 17:27 by zzx2138
[考研] 282求调剂 +7 aaa车辆 2026-04-02 11/550 2026-04-05 17:24 by yulian1987
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 301求调剂 +18 骆驼男人 2026-04-02 18/900 2026-04-04 20:33 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +11 yelck 2026-04-03 12/600 2026-04-04 19:52 by dongzh2009
[考研] 292求调剂 +11 2022080213 2026-04-04 13/650 2026-04-04 18:38 by macy2011
[考研] 22408求调剂 354分 可跨专业 +3 hannnnnnn 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:35 by 土木硕士招生
[考研] 兽医调剂 +3 wh119216 2026-04-02 3/150 2026-04-03 19:34 by zrongyan
[考研] 11408，284分，二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 321求调剂 一志愿 浙江工业大学生物医药 +5 嘿嘿HC 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:23 by sophie2180
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +5 双马尾痞老板2 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:04 by oooqiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭