| 查看: 2023 | 回复: 8 | ||
[求助]
gromacs NPT 系综如何模拟？
|
|
; Pressure coupling is on Pcoupl = berendsen pcoupltype = isotropic tau_p = 1 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1 ; simulation P 这样可以吗？ 请高手详细指导一下，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
293调剂
已经有3人回复
-
机械工程264学硕求调剂
已经有3人回复
-
264求调剂
已经有9人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
22408 266求调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有14人回复
-
273求调剂
已经有43人回复
-
307求调剂
已经有13人回复
-
327求调剂
已经有7人回复
-
338求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 我们课题组招聘，MD 模拟方面——最好精于NAMD gromacs 做生物分子模拟
已经有55人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊
已经有4人回复
- 求膜的弹性模量，用傅里叶变换请问这样做对吗？
已经有5人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- NPT系综的平衡问题
已经有10人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【讨论】系综问题
已经有32人回复
- 【求助】周期边界条件设定
已经有10人回复
duotojh
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1066.6
- 红花: 5
- 帖子: 225
- 在线: 137.8小时
- 虫号: 1290636
- 注册: 2011-05-09
- 专业: 生物物理、生物化学与分子
2楼2012-08-14 14:32:05
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-14 16:09:21
mengsk: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2012-08-14 21:30:14
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-14 16:09:21
mengsk: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2012-08-14 21:30:14
|
楼上好像打字打错了，“你这好象只有温度耦合”，应该是“你这好象只有压强耦合”； 但是楼上提示的非常正确。NPT系宗，就是固定的原子个数，固定的压强和温度。 再问楼主几个问题，你能解释清楚“; Pressure coupling is on Pcoupl = berendsen pcoupltype = isotropic tau_p = 1 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1 ; simulation P ” 这段设置是什么意思吗？ 然后你清楚你模拟要设置的条件吗？ 清楚了你就知道你的设置是否正确了。 |
3楼2012-08-14 14:43:16
4楼2012-08-14 15:20:22
jiaoyixiong
荣誉版主 (职业作家)
|
yes |
5楼2012-08-14 19:49:31
6楼2012-08-14 21:32:26
7楼2012-08-14 21:43:33
duotojh
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1066.6
- 红花: 5
- 帖子: 225
- 在线: 137.8小时
- 虫号: 1290636
- 注册: 2011-05-09
- 专业: 生物物理、生物化学与分子
8楼2012-08-15 21:51:37
9楼2012-08-16 06:01:10
100