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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs NPT 系综如何模拟？
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs NPT 系综如何模拟？

; Pressure coupling is on
Pcoupl              =  berendsen
pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  1
compressibility     =  4.5e-5
ref_p               =  1    ; simulation P

这样可以吗？
请高手详细指导一下，谢谢！
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奋斗中的小木虫
1楼 2012-08-14 10:56:00
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duotojh

金虫 (小有名气)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-14 14:38:31
你这好象只有温度耦合，应该还要加温度耦合的参数设置，
具体怎么应该和你设置压强耦合参数有点相似，gromacs
online manual上有介绍
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2楼2012-08-14 14:32:05
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-14 16:09:21
mengsk: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2012-08-14 21:30:14
楼上好像打字打错了，“你这好象只有温度耦合”，应该是“你这好象只有压强耦合”；
但是楼上提示的非常正确。NPT系宗，就是固定的原子个数，固定的压强和温度。

再问楼主几个问题，你能解释清楚“; Pressure coupling is on
Pcoupl              =  berendsen
pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  1
compressibility     =  4.5e-5
ref_p               =  1    ; simulation P

”
这段设置是什么意思吗？
然后你清楚你模拟要设置的条件吗？
清楚了你就知道你的设置是否正确了。
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3楼2012-08-14 14:43:16
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-14 14:43:16
楼上好像打字打错了，“你这好象只有温度耦合”，应该是“你这好象只有压强耦合”；
但是楼上提示的非常正确。NPT系宗，就是固定的原子个数，固定的压强和温度。

再问楼主几个问题，你能解释清楚“; Pressure c ...

; Berendsen temperature coupling is on in three groups
Tcoupl              =  berendsen
tau_t               =  0.2
tc_grps             =  system
ref_t               =  300   ; simulation T
; Pressure coupling is on
Pcoupl              =  berendsen
pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  1
compressibility     =  4.5e-5
ref_p               =  1    ; simulation P

这样就是NPT了吧？
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奋斗中的小木虫
4楼2012-08-14 15:20:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengsk at 2012-08-14 15:20:22
; Berendsen temperature coupling is on in three groups
Tcoupl              =  berendsen
tau_t               =  0.2
tc_grps             =  system
ref_t               =  300   ; simulation T
; Pr ...

yes
5楼2012-08-14 19:49:31
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-14 19:49:31
yes...

Pcoupl              =  berendsen， 就是恒压，盒子体积会发生变化吧
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奋斗中的小木虫
6楼2012-08-14 21:32:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
mengsk: 金币+2, ★★★很有帮助, 你的回答很给力，谢谢哈，就是为啥头像是个mm呢？ 2012-08-14 21:49:21
引用回帖:
6楼: Originally posted by mengsk at 2012-08-14 21:32:26
Pcoupl              =  berendsen， 就是恒压，盒子体积会发生变化吧...

是啊，恒压设置盒子的体积肯定会变化，如果设置正确的话，模拟盒子的边长会组建趋于稳定。
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7楼2012-08-14 21:43:33
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duotojh

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-14 14:43:16
楼上好像打字打错了，“你这好象只有温度耦合”，应该是“你这好象只有压强耦合”；
但是楼上提示的非常正确。NPT系宗，就是固定的原子个数，固定的压强和温度。

再问楼主几个问题，你能解释清楚“; Pressure c ...

不好意思，系统有点问题，鼠标总是漂移，
没注意到后来敲入的温度覆盖了压强两个字
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8楼2012-08-15 21:51:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by duotojh at 2012-08-15 21:51:37
不好意思，系统有点问题，鼠标总是漂移，
没注意到后来敲入的温度覆盖了压强两个字...

哈哈哈，积极帮助新手是非常值得称赞的
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9楼2012-08-16 06:01:10
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