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gromacs NPT 系综如何模拟？
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; Pressure coupling is on Pcoupl = berendsen pcoupltype = isotropic tau_p = 1 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1 ; simulation P 这样可以吗？ 请高手详细指导一下，谢谢！ |
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4楼2012-08-14 15:20:22
duotojh
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1066.6
- 红花: 5
- 帖子: 225
- 在线: 137.8小时
- 虫号: 1290636
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- 专业: 生物物理、生物化学与分子
2楼2012-08-14 14:32:05
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-14 16:09:21
mengsk: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2012-08-14 21:30:14
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-08-14 16:09:21
mengsk: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2012-08-14 21:30:14
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楼上好像打字打错了，“你这好象只有温度耦合”，应该是“你这好象只有压强耦合”； 但是楼上提示的非常正确。NPT系宗，就是固定的原子个数，固定的压强和温度。 再问楼主几个问题，你能解释清楚“; Pressure coupling is on Pcoupl = berendsen pcoupltype = isotropic tau_p = 1 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1 ; simulation P ” 这段设置是什么意思吗？ 然后你清楚你模拟要设置的条件吗？ 清楚了你就知道你的设置是否正确了。 |
3楼2012-08-14 14:43:16
jiaoyixiong
荣誉版主 (职业作家)
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yes |
5楼2012-08-14 19:49:31
