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lovedi

银虫 (小有名气)

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[求助] 请教，分子模拟中螯合离子怎么处理？

请教一个问题分子模拟中是怎么处理离子的比如镁离子
PDB文件里这样注释
REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR:  M RES CSSEQI METAL
REMARK 620                            MG A 397  MG
REMARK 620 N RES CSSEQI ATOM
REMARK 620 1 RLT A 398 OAH
REMARK 620 2 RLT A 398 OAE  81.2
REMARK 620 3 GLU A 221 OE2  93.1  91.1
REMARK 620 4 ASP A 128 OD2  94.3 174.1  85.3
REMARK 620 5 HOH A 400 O 90.6  97.3 171.3  86.6
REMARK 620 6 GLU A 221 OE1 156.4  94.6  63.6  88.0 113.0
REMARK 620 N                   1    2    3    4    5
REMARK 620


我是单独将离子作为一个unit呢还是和相互作用的氨基酸（比如ASP）合成一个UNIT 呢？
我按前者计算的，但是离子的位置会跑偏了失去了和周围几个氨基酸的相互作用.

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