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celia2012

铜虫 (小有名气)

[求助] 有关RT-PCR中的一些困扰的问题

最近要做RT-PCR实时定量PCR,遇到好多问题需要解决,以前没接触过,不知道怎么下手,有以下问题,需各位同胞们帮忙~
1.实验室用的是荧光染料法,相对简单,但特异性差,之前做了几个,发图大家给鉴定一下,是溶解曲线图
第一张明显特异性不行,第一张是两个引物的溶解曲线,看上去靠谱点,不知道大家是怎么分析的,可能原因是什么?
2.关于扩增效率,同一样品同一引物不同时段做出来的结果有时会相差很大,每次扩增效率是不同的,如何做扩增效率,如何避免扩增效率的影响,具体怎么实施
3.关于标准曲线,做标准曲线很麻烦,具体要克隆建库?
4.关于平行,是否一定要做平行,这样好药品好多啊,药品很贵。做的样多
5.CT值在哪个范围内比较可靠?
问题有点多,其实还遇到好多问题~做生物实验真心麻烦啊,还看不着,摸不透,希望有懂的虫友们帮帮忙~



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youlizujuan

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
celia2012: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-08-01 09:02:25
小丹木木: 金币+3, 鼓励新虫虫 2012-08-01 14:00:28
小丹木木: 操作失误,应该是鼓励应助的。 2012-08-01 14:01:05
1、第二张溶解曲线没问题。
2、扩增效率在90%-110%之间都没问题,每次有差别是正常的。可上下调整引物浓度。
3、不一定非要克隆建库,用标准品也行。还得看你做相对定量还是绝对定量了。
4、每个样做2-3个平行重复,省不得的。
5、CT值一般控制在24-38吧。
经验之谈。
2楼2012-07-31 19:46:57
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
celia2012: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-08-01 09:02:32
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验,积极应助 2012-08-01 14:01:24
1、第一个没有明显的MELT CURVE, 而且每个样品差异很大,特异性很差,
   第二个,楼主两个引物是什么意思,不是一对特异引物吗? 如果是一对特异引物,出现两个TM,也是不对的即特异性也不够。
2、扩增效率在90%-110%之间都没问题,每次有差别是正常的。这就是为什么要做重复的原因。
3、可以把你的目标片段连到载体上,用质粒来做标准曲线。
4、必须做重复,3个BIOLOGICAL REPLICATION,2个TECHNIQUE REPLICATION。
5、CT值一般控制在24-38吧。
3楼2012-07-31 22:32:38
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celia2012

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by youlizujuan at 2012-07-31 19:46:57
1、第二张溶解曲线没问题。
2、扩增效率在90%-110%之间都没问题,每次有差别是正常的。可上下调整引物浓度。
3、不一定非要克隆建库,用标准品也行。还得看你做相对定量还是绝对定量了。
4、每个样做2-3个平行重 ...

请问标准品是有卖的吗,一般买哪种的啊,具体不了解哎
4楼2012-08-01 09:03:28
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celia2012

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by chenguestc at 2012-07-31 22:32:38
1、第一个没有明显的MELT CURVE, 而且每个样品差异很大,特异性很差,
   第二个,楼主两个引物是什么意思,不是一对特异引物吗? 如果是一对特异引物,出现两个TM,也是不对的即特异性也不够。
2、扩增效率在90 ...

第二个是做了两队引物,如果出现第一张图的情况怎么办吧,如何看扩增效率啊,“3个BIOLOGICAL REPLICATION,2个TECHNIQUE REPLICATION具体是什么意思啊”
5楼2012-08-01 09:04:55
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lixc2009

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-08-01 14:01:39
1、第二张溶解曲线很好的
2、扩增效率在90%-110%之间都没问题
3、没有用过克隆库啊,一般都用标准曲线的啊
4、每个样至少做2-3个平行重复
5、CT值一般控制在24-38吧,一般都这样的
广州珈源--肿瘤检测、安博抗体,欢迎您!!
6楼2012-08-01 09:31:18
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youlizujuan

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


celia2012: 金币+1 2012-08-01 16:19:02
引用回帖:
4楼: Originally posted by celia2012 at 2012-08-01 09:03:28
请问标准品是有卖的吗,一般买哪种的啊,具体不了解哎...

你的标准品得问你老板了。
7楼2012-08-01 09:46:19
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-08-01 14:01:53
celia2012: 金币+3 2012-08-01 16:19:08
引用回帖:
5楼: Originally posted by celia2012 at 2012-08-01 09:04:55
第二个是做了两队引物,如果出现第一张图的情况怎么办吧,如何看扩增效率啊,“3个BIOLOGICAL REPLICATION,2个TECHNIQUE REPLICATION具体是什么意思啊”...

如果是2对引物的话,你的第二个图的结果是很好的。
如果出现第一个图的结果,无需看扩增效率,换引物需要。
3个生物学重复,例如,你检测某一植物的抗病性(假设为感染病毒拷贝数),你需要从三株这个植物分别取样(或者从同一植株的三个不同叶片或其他器官取样),分别提RNA, RT, QPCR. 最后分析各自CT值。
2个技术重复,即重复一次上述实验(3个生物学重复),避免因为操作不当或者误差带来的影响。
8楼2012-08-01 10:26:07
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