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sxxuan

金虫 (著名写手)

[求助] 最近做T克隆都是阴性,怎么回事?

一直做T克隆都觉得效率不高,但每次都能拿到阳性的重组菌就没有多想怎么去改善,但是最近出了很大的问题,都是阴性,或者鉴定时候有很多非特异性条带,送测序之后测序公司告知两次摇菌都不成功,测序失败。
1.PCR产物不是我做的,但是每次克隆前都会先跑胶确认条带。
2.纯化都选用生工的试剂盒
3.载体都是pMD18-T,有时候用附带的solutionI,有时候用NEB的T4连接酶
4.最普通的转化方法,冰浴30min,42℃90s,冰上3min,加入LB后培养1h后6000rpm离心3min,取出多余的LB,一般剩100ml,重悬后涂板。
5.感受态都是用0.1M CaCl2制备的,JM109,OD600=0.4~0.45,100ml菌液最后用5mlCaCl2重悬,加入1ml甘油混匀,100ul分装。-80保存

大概的步骤就是这样,但转化长出来的菌落都不多,30来个是正常,好一点就五六十个,请问是感受态效率不高,还是连接效率不高?还是都 不高?可以怎么改善呢?请大家提出宝贵的意见或说说自己是怎么做的也好,谢谢!
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jlliao514815

新虫 (初入文坛)

一、如果每次培养出了的菌斑数量少,那么是感受态出了问题。
二、如果出现现阴性菌株,说明感受态细胞没有什么问题,是连接出了问题。
连接出现问题的可能原因有:1目的片段有问题,末端没有TA,所以连接效率低,看用于PCR的聚合酶是否是为扩增带TA的产物;2、目的片段浓度可能太低,也可能导致连接效率低,可采用胶回收并沉淀富集。
为科研而奋斗
6楼2012-07-28 08:00:58
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robert-RBT

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sxxuan: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-07-28 12:22:38
可以用载体试剂盒所带的DNA片段链接载体以及一个较大的质粒分别转化,做个对照。转化质粒如果不经离心,取30微升即能长出大量单菌落,说明感受态没有问题,如果对照长出单菌正常,说明链接没有问题。PCR产物要确认是末端带A,胶回收温度不宜过高(最好不要超过70度),时间不宜过久。用过的连接酶用,感觉MBI的T4 DNA ligse,16度过夜链接效果不错。还要确认感受态无杂菌污染。
2楼2012-07-27 21:01:53
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scutphoenix

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
TA克隆不用蓝白斑吗?
个人认为,菌落少说明感受态不行,转化率低;或者T载不行了,没多少有用的;也可能是PCR产物不行,因此出来的都是自连的T载,也就都是蓝斑。
其他的原因不清楚了,赶时间的话买新的,不赶时间的话,每个步骤设对照验证下。
3楼2012-07-28 00:31:14
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
PCR产物是否带A尾巴?PCR产物直接试剂盒纯化不如胶回收纯化的好,实在不行,就改用胶回收。纯化后浓度偏低的话,加核酸沉淀剂乙醇沉淀溶解于小体积水中提高浓度。蓝白筛选辅助。
为什么
4楼2012-07-28 01:39:45
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