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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER中能量优化和模拟的条件怎么选择呢？
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903566945

金虫 (正式写手)

[求助] AMBER中能量优化和模拟的条件怎么选择呢？

AMBER模拟前的能量优化一般要优化到什么程度可以进行模拟了呢？还有模拟的条件大家是怎么选择的？比如步长，步数什么的？我是新手，一点概念也没有，求指教啊。
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1楼 2012-07-18 13:57:15
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
903566945: 金币+1 2012-07-18 15:54:18
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-07-18 18:23:52
最网个搜索个实例看看~
这入门最好的办法。
你说的问题案例上都有的。
赞一下 回复此楼
路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
2楼2012-07-18 15:13:59
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-21 19:21:05
903566945: 金币+2 2012-08-27 08:57:41
http://ambermd.org/tutorials/
g跟着这个教程做，做完前几个教程就会有感觉了。另外看看别人文献里的方法部分

不同体系是不太一样的， 没有统一的答案，还是从基础的入手，然后融会贯通
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-20 12:35:24
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