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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 为什么我用AMBER模拟两个小分子可以，三个小分子就不行呢？
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903566945

金虫 (正式写手)

[交流] 为什么我用AMBER模拟两个小分子可以，三个小分子就不行呢？

请教高手，如题。两个小分子模拟可以完成，三个小分子就出错。还有就是截断半径和非周期边界大小的问题，有没有人可以给个通俗的解释啊，一般设置多少？
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1楼 2012-07-13 15:25:03
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-16 16:07:02
903566945: 金币+5 2012-07-17 08:47:21
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903566945
7楼2012-07-16 11:48:16
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-14 09:10:40
903566945: 金币+5 2012-07-16 08:45:36
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2楼2012-07-13 22:19:15
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-13 22:19:15
请问你两个小分子是怎么模拟的，真空边界吗？照理说两个可以，三个也没问题才是。amber软件要求cutoff至少为8。所以你得考虑你的盒子大小。

两个小分子是真空下模拟的。请问一下，盒子大小怎么考虑呢？因为我有时候算三个分子的时候提示出错是出界了。
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6楼2012-07-16 08:48:36
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903566945

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-16 11:48:16
真空模拟是不存在盒子的问题的，只有在周期性边界条件的时候才有盒子的问题。你的分子跑出去可能是因为它们之间的相互作用太弱。你可以试试降低积分步长和降低温度试试。假如你发现三个分子永远在一起，但坐标会越 ...

谢谢。
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8楼2012-07-17 08:48:28
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