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903566945

金虫 (正式写手)


[交流] 为什么我用AMBER模拟两个小分子可以,三个小分子就不行呢?

请教高手,如题。两个小分子模拟可以完成,三个小分子就出错。还有就是截断半径和非周期边界大小的问题,有没有人可以给个通俗的解释啊,一般设置多少?
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匿名

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-14 09:10:40
903566945: 金币+5 2012-07-16 08:45:36
本帖仅楼主可见
2楼2012-07-13 22:19:15
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

903566945

金虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-13 22:19:15
请问你两个小分子是怎么模拟的,真空边界吗?照理说两个可以,三个也没问题才是。amber软件要求cutoff至少为8。所以你得考虑你的盒子大小。

两个小分子是真空下模拟的。请问一下,盒子大小怎么考虑呢?因为我有时候算三个分子的时候提示出错是出界了。
6楼2012-07-16 08:48:36
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匿名

用户注销 (正式写手)


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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-16 16:07:02
903566945: 金币+5 2012-07-17 08:47:21
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7楼2012-07-16 11:48:16
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

903566945

金虫 (正式写手)


送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-16 11:48:16
真空模拟是不存在盒子的问题的,只有在周期性边界条件的时候才有盒子的问题。你的分子跑出去可能是因为它们之间的相互作用太弱。你可以试试降低积分步长和降低温度试试。假如你发现三个分子永远在一起,但坐标会越 ...

谢谢。
8楼2012-07-17 08:48:28
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xachenxi3楼
2012-07-13 22:56   回复  
xachenxi4楼
2012-07-13 22:57   回复  
2012-07-13 23:49   回复  
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