应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 为什么我用AMBER模拟两个小分子可以，三个小分子就不行呢？
81/1返回列表
查看: 1099  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

903566945

金虫 (正式写手)

[交流] 为什么我用AMBER模拟两个小分子可以，三个小分子就不行呢？

请教高手，如题。两个小分子模拟可以完成，三个小分子就出错。还有就是截断半径和非周期边界大小的问题，有没有人可以给个通俗的解释啊，一般设置多少？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-07-13 15:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-14 09:10:40
903566945: 金币+5 2012-07-16 08:45:36
本帖仅楼主可见
赞一下
2楼2012-07-13 22:19:15
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-13 22:19:15
请问你两个小分子是怎么模拟的，真空边界吗？照理说两个可以，三个也没问题才是。amber软件要求cutoff至少为8。所以你得考虑你的盒子大小。

两个小分子是真空下模拟的。请问一下，盒子大小怎么考虑呢？因为我有时候算三个分子的时候提示出错是出界了。
赞一下 回复此楼
6楼2012-07-16 08:48:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-16 16:07:02
903566945: 金币+5 2012-07-17 08:47:21
本帖仅楼主可见
赞一下

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

903566945
7楼2012-07-16 11:48:16
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

903566945

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-16 11:48:16
真空模拟是不存在盒子的问题的，只有在周期性边界条件的时候才有盒子的问题。你的分子跑出去可能是因为它们之间的相互作用太弱。你可以试试降低积分步长和降低温度试试。假如你发现三个分子永远在一起，但坐标会越 ...

谢谢。
回复此楼
8楼2012-07-17 08:48:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
xachenxi3楼
2012-07-13 22:56   回复  
xachenxi4楼
2012-07-13 22:57   回复  
学艺不精5楼
2012-07-13 23:49   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 903566945 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭