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kakasu8270银虫 (小有名气)
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[求助]
sybyl 分子能量优化
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小弟最近想做3D-QSAR，用sybyl画出分子做能量最优化时，得到两个能量最低的分子（镜面对称，如图），另外连接苯环的键， 在画分子时画到六元环并五元环的左边，优化时就在左边并不会转到右边，活性分子应该用哪个？不会有两个最低能量构象吧？但得到的能量确实一样。 还有在此分子基础上连接其他基团时，可以直接在优化完的此分子上连接吗？还是要从头重新画。在此五元环的甲基上直接把其中的一个H改为C再加H优化时，优化完单肩并不旋转，C在加在哪优化完还是在哪，即使c在苯环下面产生阻力，也不会转到另一方向。（这个不是说的本图） 还有一个很dant的问题，每次点comput》》minimize时 ，程序就自动关闭，重新打开才能用，疯了····· O(∩_∩)O谢谢各位大侠指点···  |
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wjmed
木虫 (正式写手)
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- 专业: 化学生物学与生物有机化学
【答案】应助回帖
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kakasu8270: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-23 10:17:45
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-07-23 10:30:01
kakasu8270: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-23 10:17:45
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-07-23 10:30:01
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这个是因为硫原子的问题 建议用模拟退火做一下构象搜索，应该能找到一个更低能量的构象，要不然，就随便用其中一个吧 反正我发现这样得到的构象，都不是很好用 可以直接在这个基础上修改来构建新的结构，不过，虽然看起来叠合的和齐整，但是，q2就是不高。说明，这个方法还是有缺陷 我平时有一种改进的技巧，楼主可以参考？ 1、找几个活性分子，先做一个药效团 2、把整个训练集+测试集的分子，进行构象搜索，然后与药效团叠合 3、得到的叠合构象，应该是符合药效团的活性构象，用来做CoMFA就比较合理的 可以尝试一下cresset公司的fieldtemplate药效团，用fieldalign做叠合 上次参加美国化学会年会时，看到这家公司的销售代理了，好像软件模块改名称了，你找找看吧。申请后可以试用1个月 |
2楼2012-07-21 01:34:27