| 查看: 1331 | 回复: 1 | ||
kakasu8270银虫 (小有名气)
|
[求助]
sybyl 分子能量优化
|
|
小弟最近想做3D-QSAR，用sybyl画出分子做能量最优化时，得到两个能量最低的分子（镜面对称，如图），另外连接苯环的键， 在画分子时画到六元环并五元环的左边，优化时就在左边并不会转到右边，活性分子应该用哪个？不会有两个最低能量构象吧？但得到的能量确实一样。 还有在此分子基础上连接其他基团时，可以直接在优化完的此分子上连接吗？还是要从头重新画。在此五元环的甲基上直接把其中的一个H改为C再加H优化时，优化完单肩并不旋转，C在加在哪优化完还是在哪，即使c在苯环下面产生阻力，也不会转到另一方向。（这个不是说的本图） 还有一个很dant的问题，每次点comput》》minimize时 ，程序就自动关闭，重新打开才能用，疯了····· O(∩_∩)O谢谢各位大侠指点···  |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有14人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有13人回复
-
越来越担心硕士毕业后没有竞争力了
已经有15人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- sybyl构建分子
已经有11人回复
- 求助sybyl关于添加形式电荷的问题
已经有8人回复
- Sybyl 3D-QSAR Q^2为负
已经有16人回复
- sybyl中的配体提取和准备问题
已经有7人回复
- 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析
已经有8人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】用DS做3D -qsar parmacophore的完整流程
已经有12人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【求助】请问3D-QSAR中的最佳组分数
已经有14人回复
- 【求助】CoMFA: 化合物放不进数据库怎么办啊？？
已经有14人回复
wjmed
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2795.1
- 红花: 8
- 帖子: 812
- 在线: 50.4小时
- 虫号: 96805
- 注册: 2005-11-07
- 性别: GG
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kakasu8270: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-23 10:17:45
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-07-23 10:30:01
kakasu8270: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-23 10:17:45
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-07-23 10:30:01
|
这个是因为硫原子的问题 建议用模拟退火做一下构象搜索，应该能找到一个更低能量的构象，要不然，就随便用其中一个吧 反正我发现这样得到的构象，都不是很好用 可以直接在这个基础上修改来构建新的结构，不过，虽然看起来叠合的和齐整，但是，q2就是不高。说明，这个方法还是有缺陷 我平时有一种改进的技巧，楼主可以参考？ 1、找几个活性分子，先做一个药效团 2、把整个训练集+测试集的分子，进行构象搜索，然后与药效团叠合 3、得到的叠合构象，应该是符合药效团的活性构象，用来做CoMFA就比较合理的 可以尝试一下cresset公司的fieldtemplate药效团，用fieldalign做叠合 上次参加美国化学会年会时，看到这家公司的销售代理了，好像软件模块改名称了，你找找看吧。申请后可以试用1个月 |
2楼2012-07-21 01:34:27
50