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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】CoMFA: 化合物放不进数据库怎么办啊？？
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一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】CoMFA: 化合物放不进数据库怎么办啊？？已有7人参与

做CoMFA之前要把所有的小分子化合物的三维结构画出来，然后放在同一个数据库中，再做叠合。
在画小分子的三维结构时，确定了一个化合物为模板，然后再在这个化合物的基础上得到其他化合物的结构。

我的问题是：
在画模板结构的时候刚开始我没命名，默认名称为benzene,保存的时候修改了名称。当我在模板的基础上得到所有化合物的结构要创建小分子数据库的时候，发现在数据库中所有化合物的默认名称都为benzene，根本就没法将所有的化合物放进数据库中，老是提示keep or replace。遇到这种情况我该怎么办啊？我想把所有化合物直接copy到数据库文件夹下，但是在叠合时，指定化合物数据库时老是提示该数据库为空。

之前为了避免这种情况，就试着把所有的化合物单独画出来，但是优化后叠合发现效果很不好。所以只能是确定模板，并在模板的基础上得到所有化合物的三维结构。
麻烦大家帮忙指点一下，万分感谢！！

[ Last edited by 一步一步 on 2010-6-7 at 09:58 ]
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1楼2010-06-06 19:46:44
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

CADD

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
一步一步(金币+3): 2010-06-10 08:51:28
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-10 09:10:39
“当我在模板的基础上得到所有化合物的结构要创建小分子数据库的时候，发现在数据库中所有化合物的默认名称都为benzene”

楼主在模板的基础上创建其余小分子时命名后，保存了吗？

有一种方法可以解决你的问题，但是比较麻烦。将所有的小分子复制粘贴到新建好的数据库中，时在复制粘贴，不是在sybyl中操作。然后，进入到新建好的数据库中，启动sybyl，在open中读入小分子，再一个一个的改名字。

写了这么多，不知道你明白没？如不明白，再联系我吧。575803860
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2楼2010-06-09 21:35:48
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一步一步

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):鼓励 2010-06-10 09:10:57
引用回帖:
Originally posted by CADD at 2010-06-09 21:35:48:
“当我在模板的基础上得到所有化合物的结构要创建小分子数据库的时候，发现在数据库中所有化合物的默认名称都为benzene”

楼主在模板的基础上创建其余小分子时命名后，保存了吗？

有一种方法可以解决你的问 ...

呵呵，谢谢。。。。这种方法我可以试试。。。。
这个问题我已经解决了，我的方法是：
在built/edit下选择name molecular重新命名，再保存就好了。这样就可以读入数据库了。
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3楼2010-06-10 08:53:46
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by puffy581 at 2010-06-11 09:46:02:
不会啊 你创建了一个新的分子后，改成你需要的名字 再放入数据库 就没事了啊
你就是没改名字，所有名字全部还是benzene，所以在放入数据库时，发现有名字相同的化合物，才会出现keep or replace 选项 估计楼主选 ...

呵呵，我改了的。。。。只是是用rename改的，所以不行。。。。
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5楼2010-06-11 18:33:20
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puffy581

捐助贵宾 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-12 14:09:59
一步一步(金币+1): 2010-06-12 18:52:07
啊 我也差不多啊 我一般改完以后 选择name molecule，然后再存 没有什么问题的
引用回帖:
Originally posted by 一步一步 at 2010-06-11 18:33:20:


呵呵，我改了的。。。。只是是用rename改的，所以不行。。。。

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6楼2010-06-12 09:44:35
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llxp555

银虫 (小有名气)

回答

一步一步(金币+1): 2010-06-12 18:52:53
一步一步(金币+1): 2010-06-12 18:53:43
你画好的分子命名后要首先把数据库激活，然后再点击PUT MOLECULE就可以了。
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9楼2010-06-12 17:13:46
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普通回帖

puffy581

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-11 10:04:08
一步一步(金币+2): 2010-06-11 18:33:30
不会啊 你创建了一个新的分子后，改成你需要的名字 再放入数据库 就没事了啊
你就是没改名字，所有名字全部还是benzene，所以在放入数据库时，发现有名字相同的化合物，才会出现keep or replace 选项 估计楼主选择了keep。
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4楼2010-06-11 09:46:02
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-12 14:09:51
一步一步(金币+2): 2010-06-12 18:52:24
这种情况，直接用文本编辑器打开 .mol2 文件，修改里面的名字即可，呵呵……
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7楼2010-06-12 11:29:40
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-12 14:10:13
或者用 sed 之类的软件，将 .mol2 中的化合物名改为 .mol2 的文件名，呵呵……
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8楼2010-06-12 11:30:13
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by puffy581 at 2010-06-12 09:44:35:
啊 我也差不多啊 我一般改完以后 选择name molecule，然后再存 没有什么问题的

呵呵。。。我就是用这种方法把问题解决的。。。。
我是说直接右键----rename不行。。。。
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10楼2010-06-12 18:51:56
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