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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于质谱测定蛋白质分子量的图谱分析
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liliuping2

木虫 (正式写手)

[求助] 关于质谱测定蛋白质分子量的图谱分析

送蛋白样品出去测质谱，目的是测定分子量，用的是MALDI-TOP质谱仪，标准品与测试样图谱分别如下，回来后就给两个图谱，也木有啥分析，不知道是到底是分子量分析还是酶切后半胱氨酸分析，大家帮忙分析一下这谱图。

标准样



测试样
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1楼 2012-06-20 15:12:51
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cpn

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lz，这两张MALDI的图其实不太好，你有没注意到，你的第一张谱图处的9千多还出了一个峰，感觉像是做MALDI时激光能量太大，双电荷峰都出来了。
另外，这两张谱图应该是分别累加多张谱图累加出来的吧？一个像大包的峰里有个尖峰突出来，比较奇怪，如果是多张谱图累加出来的，也就不奇怪了，MALDI存在结晶不均匀的问题，在不同的点打出来的图可能会略有差别。
其实你更应该关注，你的峰宽都有1500Da了，分子量标出来差个几百Da，也不是不可能的事。
你可以把两张图stack比对看看。
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13楼2012-08-09 12:48:23
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖交流问题。 2012-06-20 20:37:19
你先对照你的蛋白分子量看看啊，我看不像是酶切之后的，倒像是直接给你样品分析的，不知道你的样品纯度如何？
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2楼2012-06-20 17:03:45
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月月大可

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
呵呵，有点意思啊。我还不清楚这种仪器电离化的方法，但是你说了分子量是20kd，现在结果是20445，说明就是单电荷的。    我的理解标准品是用来给你分析误差的，表明是已知分子量，现在测试，你就能算出误差率。 然后将该误差率应用到你的样品上。你还的找他们要标准品是什么，分子量是多少。 然后查询该仪器电离化的方法，确定如果是单电荷，那就是数字是多少分子量就是多少！
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4楼2012-06-20 21:42:54
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以做些误差分析的。还需要用些标物标定。
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蓝精灵
5楼2012-06-20 22:33:10
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by liliuping2 at 2012-06-20 20:02:05
样品WM大概在20kda左右，纯度可以达到90%的，我是想把这两个图放论文中，可是也不知道怎么讨论，只能说由于仪器误差导致的测试误差...

说实话MALDI的我没用过，只知道些大致原理。产生的离子多是单电荷离子，这一点与ESI十分不同，所以上面显示的基本是你的分子量再减去1，当然这要把参考离子的误差算在内。
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6楼2012-06-21 08:53:52
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月月大可 at 2012-06-20 21:42:54
呵呵，有点意思啊。我还不清楚这种仪器电离化的方法，但是你说了分子量是20kd，现在结果是20445，说明就是单电荷的。    我的理解标准品是用来给你分析误差的，表明是已知分子量，现在测试，你就能算出误差率。 然后 ...

这位朋友，MALDI产生的离子多是单电荷离子，与ESI不同。我理解的MALDI好像没有离子源之分，只有激光源波长种类的差别。不知对不对啊，互相交流啊。
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7楼2012-06-21 08:56:56
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lijing_055

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有可能是误差，也有可能是同位素峰，这个应该不是切断以后的，酶切也有个过程，一般需要送样人自己处理好的，处理好以后得到的应该是肽的质谱信息也不会是半胱氨酸的信息。
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8楼2012-06-21 08:59:56
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shygza

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
感觉是找了个20KD左右的标准蛋白做了校正，然后再做你的蛋白
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9楼2012-06-21 10:27:17
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月月大可

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by dshlove at 2012-06-21 08:56:56
这位朋友，MALDI产生的离子多是单电荷离子，与ESI不同。我理解的MALDI好像没有离子源之分，只有激光源波长种类的差别。不知对不对啊，互相交流啊。...

如果是激光轰击失去一个电子，那分子量应该就不用减1了吧。  不了解该方法，我只是了解一些ESI的，还需要计算电荷数，然后才能算出来分子量。
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10楼2012-06-21 18:13:11
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by nannan2628 at 2013-05-17 15:32:16
您好，请问做质谱需要的样品纯度一般是什么样的情况呢？...

要看你用什么质谱了哦，理论上是不考虑样品纯度的，还有浓度不要太低啊。
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15楼2013-05-17 17:02:06
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nannan2628

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by dshlove at 2013-05-17 17:02:06
要看你用什么质谱了哦，理论上是不考虑样品纯度的，还有浓度不要太低啊。...

非常感谢您的回复O(∩_∩)O~
不用考虑杂质蛋白对目标蛋白的干扰吗？浓度应该不成问题，样品是用干粉自己配制的，浓度应该好控制的，您说的不要太低有没有具体的量的经验值呢？
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16楼2013-05-19 00:29:17
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wizardfan: 金币+2, 谢谢回答问题 2013-05-19 08:57:14
引用回帖:
16楼: Originally posted by nannan2628 at 2013-05-19 00:29:17
非常感谢您的回复O(∩_∩)O~
不用考虑杂质蛋白对目标蛋白的干扰吗？浓度应该不成问题，样品是用干粉自己配制的，浓度应该好控制的，您说的不要太低有没有具体的量的经验值呢？...

因为质谱本身就是要有检测多种物质的能力的，所以不能担心杂蛋白的影响、
我现在用的是单TOF，一般要求不低于0.5 mg/ml.
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17楼2013-05-19 01:09:56
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niuyee

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你这个质谱检测应该是普通的质谱，通常普通的质谱检测误差范围为1%，高精度质谱检测分子量可以精确到1Da，先根据你的蛋白分子量序列算一下你的理论分子量后，看看是否在误差范围之内吧！质谱检测要求样品的纯度应能达到90%以上！再就是对图谱不懂的可以跟检测单位的检测人沟通一下，检测的方法及使用的标准品一般都是可以提供的。希望能帮到你！
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18楼2013-06-08 10:31:11
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niuyee

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by nannan2628 at 2013-05-17 15:32:16
您好，请问做质谱需要的样品纯度一般是什么样的情况呢？...

一般要求样品的纯度大于90%
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19楼2013-06-08 10:32:56
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普通回帖

liliuping2

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dshlove at 2012-06-20 17:03:45
你先对照你的蛋白分子量看看啊，我看不像是酶切之后的，倒像是直接给你样品分析的，不知道你的样品纯度如何？

样品WM大概在20kda左右，纯度可以达到90%的，我是想把这两个图放论文中，可是也不知道怎么讨论，只能说由于仪器误差导致的测试误差
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3楼2012-06-20 20:02:05
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