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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 基础理论 » 【求助】ICSD结构数据SOF的意义！
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助】ICSD结构数据SOF的意义！

*data for   ICSD #41140
Coll Code   41140
Rec  Date   1999/11/30
Mod  Date   2008/02/01
Chem Name   Copper(I) Selenide - Low
Structured  Cu2 Se
Sum         Cu2 Se1
ANX         A2X
Min Name    Berzelianite
D(calc)     7.41
Title       X-ray study of the average structure of Cu2 Se and of Cu1.8 S in the
            room temperature and high temperature phases
Author(s)   Yamamoto, K.;Kashida, S.
Reference   Journal of Solid State Chemistry
            (1991), 93, 202-211
            Golden Book of Phase Transitions, Wroclaw
            (2002), 1, 1-123
Unit Cell   5.694(7) 5.694(7) 5.694(7) 90. 90. 90.
Vol         184.61
Z           4
Space Group F m -3 m
SG Number   225
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF12
Wyckoff     f c a
R Value     0.065
Red Cell    F  4.026 4.026 4.026 60 60 60 46.152
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Antifluorite type
            Stable above 471 K (2nd ref., Tomaszewski), 396-471 K: F4-
            3m, m.p. 1400 K
            AE: Cu1: Se4; Cu2; Se3; Se: Cu8
            Compound with mineral name: Berzelianite
            The structure has been assigned a PDF number (experimental
            powder diffraction data): 46-1129
            Structure type prototype : Cu2Se
            Temperature in Kelvin: 293
            Structure type : Cu2Se
            X-ray diffraction from single crystal
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(U)   
Se   1  -2    4 a   0           0           0              1.         0        0.039(2)
Cu   1  +1    8 c   0.25        0.25        0.25           0.37(7)    0       0.068(14)
Cu   2  +1    32 f  0.334(5)    0.334       0.334          0.158(28)  0       0.085(12)
*end for    ICSD #41140

上面试Cu2Se的结构数据。问题：倒数第三行和倒数第二行，有两行SOF（site of fractional?)为分数的Cu原子坐标行。这个原胞中，Se的Site为4a, Cu 1 的site为8c，这个比例不是已经符合Cu:Se=2:1的比例了吗？为什么还会测出Ce 2的32 f？这个数据真实反映了Cu2Se中Cu:Se=2:1的组分特征吗？

对于这里的两行Cu原子， 8×0.37+32 ×0.158=8.02, 基本上也是符合Cu:Se=2:1的。这种小于1的SOF怎么体现在真实晶体结构中的呢？

Cu2Se结构模型



[ Last edited by cenwanglai on 2012-6-19 at 15:45 ]
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1楼 2012-06-19 14:43:03
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linhua0402313

版主 (文坛精英)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+5, 非常感谢。我是做第一性原理计算模拟，碰到分数占据的晶体结构，建模非常困难。你的回复对我非常有帮助~ 2012-06-19 15:41:51
lijunjie84: 金币+1, 斑斑辛苦了！ 2012-11-15 13:51:33
你的第二种分析是对滴
site代表的是晶体学中威克夫位置，sof代表的是原子在这个位置的占有率，一般理想的情况sof应该为1（即100%），但是由于合成条件或者晶体本身存在缺陷，所以在这些位点存在部分占据的情况（即占有率小于1），这些在一般的晶体学结构解析的时候可以发现，在解析这些原子位点的时候温度因子异常的高，所以必须使用部分占据的命令进行精修，所以可以得到精修的占有率，所以计算的时候总的原子数应该是占有率*威克夫位点前面的数字，这些同类原子的计算之和才是分子式的下标数字，所以你的第二种分析是对的，结果虽然和理想值有点偏差，这是正常的，因为精修的时候并没有考虑化合价平衡的问题。
而这种无序的现象存在的晶体在性能上往往有比较有趣的现象，比如你举的例子Cu2-XSe,由于Cu原子的无序，导致有较好的热电性能，该研究最近在Nature已经发表。
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3楼2012-06-19 15:14:20
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by linhua0402313 at 2012-06-19 15:14:20
你的第二种分析是对滴
site代表的是晶体学中威克夫位置，sof代表的是原子在这个位置的占有率，一般理想的情况sof应该为1（即100%），但是由于合成条件或者晶体本身存在缺陷，所以在这些位点存在部分占据的情况（即 ...

能提供这篇Cu-Se  Nature下载地址不？ 我检索了一下，没找到~

就这里的Cu2Se结构而言，Cu的8+32=40个可能占据的位置上，Cu在 8  c site上以0.37几率占据，在32 f site上以0.158几率占据。那么
（1）在实际的晶体原子堆积模型里，Cu是如何排列的呢？
（2）Cu的无序，是在有限几个位置上的无序。但这几个位置有多重组合，是不是导致长程无序？
（3）固定尺寸的Cu2Se晶体，Cu的排列组合是不是有很多种？
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4楼2012-06-19 15:40:17
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+5, 谢谢提供链接~ 2012-06-19 20:44:51
linhua0402313: 金币+1, 感谢版主热心参与，我说的就是这篇文献，辛苦了 2012-06-19 21:56:14
可以参看这篇
Copper ion liquid-like thermoelectrics
http://www.nature.com/nmat/journal/v11/n5/full/nmat3273.html

通讯作者是上硅所的Xun Shi or Lidong Chen
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5楼2012-06-19 19:32:24
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guodonglin

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
版主，我想问下，你见出来的模型，Cu原子之间的距离是0.832哎吗，反正我建出来是0.832哎，计算时，就说原子距离太小小了，不知道你的距离是什么，谢谢
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7楼2012-06-20 09:19:34
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by guodonglin at 2012-06-20 09:19:34
版主，我想问下，你见出来的模型，Cu原子之间的距离是0.832哎吗，反正我建出来是0.832哎，计算时，就说原子距离太小小了，不知道你的距离是什么，谢谢

距离是很小。

但是需要说明：我建出来的模型中，五个Cu原子组成的四面体，实际上是一个Cu原子的五个可能占据的位置。你读读我在计算模拟版发的帖子，可以了解一下。那片文章中的模型跟我们建的是一样的。但是计算的时候需要技术处理。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4646658&page=1#pid2
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8楼2012-06-20 09:40:10
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guodonglin

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-06-20 09:40:10
距离是很小。

但是需要说明：我建出来的模型中，五个Cu原子组成的四面体，实际上是一个Cu原子的五个可能占据的位置。你读读我在计算模拟版发的帖子，可以了解一下。那片文章中的模型跟我们建的是一样的。但是计 ...

“需要技术处理”，需要什么技术。版主知道吗，望指点
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9楼2012-06-20 09:46:16
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by guodonglin at 2012-06-20 09:46:16
“需要技术处理”，需要什么技术。版主知道吗，望指点...

我说不清~，呵呵

毕竟没有这样做过~
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10楼2012-06-20 11:15:00
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+1, 谢谢回复~ 2012-11-15 13:35:11
无序结构，disorder crystal
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11楼2012-11-14 07:35:52
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10133202

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大神，想问下你在生成的Cu2 Se1的坐标是这样么？但是坐标里面Cu和Se比例不对，这样的坐标可以直接提交到vasp里算吗？
Cu2Se
1.0
        5.6939997673         0.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000         5.6939997673         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000         5.6939997673
   Se   Cu
    4   40
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.000000000         0.500000000         0.500000000
     0.500000000         0.000000000         0.500000000
     0.500000000         0.500000000         0.000000000
     0.250000000         0.250000000         0.250000000
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