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lyefoztz

金虫 (初入文坛)

[求助] 求四方晶型Bi2O2CO3的晶胞参数,以便用ms作晶胞结构图

如下是我自己从FindIt-[ICSD 1]中得到的四方晶型Bi2O2CO3的晶胞参数,做出的超晶胞结构图如图1所示,但文献中报道的是如图2所示的超晶胞结构图,不知道是我的作图方法有误,还是如下我自己作图的晶胞参数有误?请虫子高手们教教我正确的作图方法或赐予我正确的四方晶型Bi2O2CO3的晶胞参数,拜托了,万分感谢!
Chem Name   Bismuth Dioxide Carbonate
Structured  Bi2 O2 C O3
Sum         C1 Bi2 O5
ANX         AB2X5
Min Name    Bismutite
D(calc)     8.27
Title       On the crystal structure of Bi2 O2 C O3 (bismutite) and Ca Bi2 O2 (C
            O3)2 (beyerite)
Author(s)   Lagercrantz, A.;Sillen, L.G.
Reference   Arkiv foer Kemi, Mineralogi och Geologi, A
            (1948), 25(2), 1-21
Unit Cell   3.867 3.867 13.686 90. 90. 90.
Vol         204.66
Z           2
Space Group I 4/m m m
SG Number   139
Cryst Sys   tetragonal
Pearson     tI16
Wyckoff     m2 h e2 d b
Red Cell    I  3.867 3.867 7.369 105.211 105.211 89.999 102.328
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 -1.000 0.000 / -0.500 0.500 -0.500
Comments    O of CO3 split on 6 different positions
            Total SOF on at least one site differs from unity (SOF <
            0.997 resp. SOF > 1.003)
            Compound with mineral name: Bismutite
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-073-6504
            The structure has been assigned a PDF number (experimental
            powder diffraction data): 41-1488
            X-ray diffraction from single crystal
            No R value given in the paper.
            At least one temperature factor missing in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Bi   1  +3    4 e   0           0           0.160(3)       1.         0   
O    1  -2    4 d   0           0.5         0.25           1.         0   
C    1  +4    2 b   0           0           0.5            1.         0   
O    2  -2    4 e   0           0           0.591          0.25       0   
O    3  -2    16 m  0.114       0.114       0.579          0.125      0   
O    4  -2    16 m  0.197       0.197       0.546          0.125      0   
O    5  -2    8 h   0.228       0.228       0.5            0.125      0   
*end for    ICSD #36245

自画的四方晶型Bi2O2CO3的超晶胞图


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为自己加油!
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han456

铁虫 (初入文坛)

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感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-14 16:11:08
one cell同你

3X3=9同下,再set Z=1,才是超晶格
2楼2012-08-09 14:39:52
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lyefoztz

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by han456 at 2012-08-09 14:39:52
one cell同你

3X3=9同下,再set Z=1,才是超晶格

你的答案好像与我的问题无关吧?能不能说的更详细点!谢谢了
为自己加油!
3楼2012-08-09 16:17:44
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han456

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-08-12 12:45:45
Vol         204.66
Z           2
so
27 Cells & z=1
MS是读入ICDS坐标档
还是妳把坐标一个一个输入,若是后者你一下Build有些不该生成的键会多跑出来
所以你付的图无法放大与原图作比较!瞄一下就知道应该有2个问题点要修正
所谓超晶格是至少由8-27个单晶格组成,再取消其对称性(set Z=1)
这是晶体仿真最基本的作法,叫作影像盒子,也有人用8(2X2X2),看原图是27个Cell
请问你图是如何输入的?
4楼2012-08-12 01:56:56
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han456

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-13 09:38:06
还有力场有设对吗?不同力场会产生不太一样的键,在错化物或无机方面要谨慎!
Icsd相关文献应该有叙明是用哪种力场产生原图的
在英Ccdc除显示晶格坐标外亦提出在发表在哪篇Paper(通常Paper就会标注适用力场)
5楼2012-08-12 15:13:02
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han456

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-08-13 09:38:29
lyefoztz你好
Space Group I 4/m m m
在设定对称兴时应该在I4项下还有小项可选,这里的mmm有学问
我是用其他晶体仿真程序!
一位法国结晶博士指导我如此的!!
此外一定要从ICSD export parameters & data formated cif..etc.,再由MS直接读入!
6楼2012-08-12 15:32:48
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han456

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-13 09:38:53
7楼2012-08-12 19:38:11
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lyefoztz

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by han456 at 2012-08-12 15:13:02
还有力场有设对吗?不同力场会产生不太一样的键,在错化物或无机方面要谨慎!
Icsd相关文献应该有叙明是用哪种力场产生原图的
在英Ccdc除显示晶格坐标外亦提出在发表在哪篇Paper(通常Paper就会标注适用力场)

首先,我诚恳地感谢您对我这么热情的应助!
我就输入了空间群,晶胞体积,夹角,然后build了不同原子空间位置,这些都是直接copy的,像BiOCl等其它物质也是这么做的却能做出来呢,但不知道为什么就不能作出四方晶型Bi2O2CO3的晶体结构图,请问尊敬的虫子高手,你可以用我给出的参数晶胞参数作出如文献报道的那种晶体结构吗?或者可以的话我们能不能QQ联系,我才开始接触这个ms做图工具没几天呢,就只要学会画出晶体结构,所以对ms这个软件不熟悉,我这几天暂时不呆在这学校,自己的笔记本没带身边,也不是常有时间上网,如果您可以教画出文献所报道的那种Bi2O2CO3,我会重金感谢您哦!我的QQ是964970385,诚求赐教!加我QQ的时候请输入验证消息让我知道是您啊,因为我不接受无缘无故的陌生人,呵呵,请您谅解!
为自己加油!
8楼2012-08-14 10:27:03
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han456

铁虫 (初入文坛)

你可问本论坛:geode他有再用ICDS,看他会不会吧你将数据导入MS
很抱歉我没用过MS,我有说是用其他软件!
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/12633549.html
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/23813468.html
第一个:讲ICDS如何在MS设定
第二个讲:MS的castep力场,其他请自己搜寻下载
尽可能在"李明宪""淡江"Castep"找,他是物理与无机castep的指导教授
9楼2012-08-14 22:54:24
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han456

铁虫 (初入文坛)

Materials Studio CASTEP计算化学进阶训练课程-李明憲-淡江大學物理系.PDF
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/12633533.html
10楼2012-08-14 23:00:41
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