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北京石油化工学院2025年硕士研究生招生接受调剂公告
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)


[交流] 【求助】ICSD结构数据SOF的意义!

*data for   ICSD #41140
Coll Code   41140
Rec  Date   1999/11/30
Mod  Date   2008/02/01
Chem Name   Copper(I) Selenide - Low
Structured  Cu2 Se
Sum         Cu2 Se1
ANX         A2X
Min Name    Berzelianite
D(calc)     7.41
Title       X-ray study of the average structure of Cu2 Se and of Cu1.8 S in the
            room temperature and high temperature phases
Author(s)   Yamamoto, K.;Kashida, S.
Reference   Journal of Solid State Chemistry
            (1991), 93, 202-211
            Golden Book of Phase Transitions, Wroclaw
            (2002), 1, 1-123
Unit Cell   5.694(7) 5.694(7) 5.694(7) 90. 90. 90.
Vol         184.61
Z           4
Space Group F m -3 m
SG Number   225
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF12
Wyckoff     f c a
R Value     0.065
Red Cell    F  4.026 4.026 4.026 60 60 60 46.152
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Antifluorite type
            Stable above 471 K (2nd ref., Tomaszewski), 396-471 K: F4-
            3m, m.p. 1400 K
            AE: Cu1: Se4; Cu2; Se3; Se: Cu8
            Compound with mineral name: Berzelianite
            The structure has been assigned a PDF number (experimental
            powder diffraction data): 46-1129
            Structure type prototype : Cu2Se
            Temperature in Kelvin: 293
            Structure type : Cu2Se
            X-ray diffraction from single crystal
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(U)   
Se   1  -2    4 a   0           0           0              1.         0        0.039(2)
Cu   1  +1    8 c   0.25        0.25        0.25           0.37(7)    0       0.068(14)
Cu   2  +1    32 f  0.334(5)    0.334       0.334          0.158(28)  0       0.085(12)
*end for    ICSD #41140

上面试Cu2Se的结构数据。问题:倒数第三行和倒数第二行,有两行SOF(site of fractional?)为分数的Cu原子坐标行。这个原胞中,Se的Site为4a, Cu 1 的site为8c,这个比例不是已经符合Cu:Se=2:1的比例了吗?为什么还会测出Ce 2的32 f?这个数据真实反映了Cu2Se中Cu:Se=2:1的组分特征吗?

对于这里的两行Cu原子, 8×0.37+32 ×0.158=8.02, 基本上也是符合Cu:Se=2:1的。这种小于1的SOF怎么体现在真实晶体结构中的呢?


Cu2Se结构模型



[ Last edited by cenwanglai on 2012-6-19 at 15:45 ]
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cenwanglai: 金币+5, 非常感谢。我是做第一性原理计算模拟,碰到分数占据的晶体结构,建模非常困难。你的回复对我非常有帮助~ 2012-06-19 15:41:51
lijunjie84: 金币+1, 斑斑辛苦了! 2012-11-15 13:51:33
你的第二种分析是对滴
site代表的是晶体学中威克夫位置,sof代表的是原子在这个位置的占有率,一般理想的情况sof应该为1(即100%),但是由于合成条件或者晶体本身存在缺陷,所以在这些位点存在部分占据的情况(即占有率小于1),这些在一般的晶体学结构解析的时候可以发现,在解析这些原子位点的时候温度因子异常的高,所以必须使用部分占据的命令进行精修,所以可以得到精修的占有率,所以计算的时候总的原子数应该是占有率*威克夫位点前面的数字,这些同类原子的计算之和才是分子式的下标数字,所以你的第二种分析是对的,结果虽然和理想值有点偏差,这是正常的,因为精修的时候并没有考虑化合价平衡的问题。
而这种无序的现象存在的晶体在性能上往往有比较有趣的现象,比如你举的例子Cu2-XSe,由于Cu原子的无序,导致有较好的热电性能,该研究最近在Nature已经发表。
3楼2012-06-19 15:14:20
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)


引用回帖:
3楼: Originally posted by linhua0402313 at 2012-06-19 15:14:20
你的第二种分析是对滴
site代表的是晶体学中威克夫位置,sof代表的是原子在这个位置的占有率,一般理想的情况sof应该为1(即100%),但是由于合成条件或者晶体本身存在缺陷,所以在这些位点存在部分占据的情况(即 ...

能提供这篇Cu-Se  Nature下载地址不? 我检索了一下,没找到~

就这里的Cu2Se结构而言,Cu的8+32=40个可能占据的位置上,Cu在 8  c site上以0.37几率占据,在32 f site上以0.158几率占据。那么
(1)在实际的晶体原子堆积模型里,Cu是如何排列的呢?
(2)Cu的无序,是在有限几个位置上的无序。但这几个位置有多重组合,是不是导致长程无序?
(3)固定尺寸的Cu2Se晶体,Cu的排列组合是不是有很多种?
4楼2012-06-19 15:40:17
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cenwanglai: 金币+5, 谢谢提供链接~ 2012-06-19 20:44:51
linhua0402313: 金币+1, 感谢版主热心参与,我说的就是这篇文献,辛苦了 2012-06-19 21:56:14
可以参看这篇
Copper ion liquid-like thermoelectrics
http://www.nature.com/nmat/journal/v11/n5/full/nmat3273.html

通讯作者是上硅所的Xun Shi or Lidong Chen
5楼2012-06-19 19:32:24
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guodonglin

至尊木虫 (职业作家)



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版主,我想问下,你见出来的模型,Cu原子之间的距离是0.832哎吗,反正我建出来是0.832哎,计算时,就说原子距离太小小了,不知道你的距离是什么,谢谢
7楼2012-06-20 09:19:34
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)


引用回帖:
7楼: Originally posted by guodonglin at 2012-06-20 09:19:34
版主,我想问下,你见出来的模型,Cu原子之间的距离是0.832哎吗,反正我建出来是0.832哎,计算时,就说原子距离太小小了,不知道你的距离是什么,谢谢

距离是很小。

但是需要说明:我建出来的模型中,五个Cu原子组成的四面体,实际上是一个Cu原子的五个可能占据的位置。你读读我在计算模拟版发的帖子,可以了解一下。那片文章中的模型跟我们建的是一样的。但是计算的时候需要技术处理。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4646658&page=1#pid2
8楼2012-06-20 09:40:10
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guodonglin

至尊木虫 (职业作家)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-06-20 09:40:10
距离是很小。

但是需要说明:我建出来的模型中,五个Cu原子组成的四面体,实际上是一个Cu原子的五个可能占据的位置。你读读我在计算模拟版发的帖子,可以了解一下。那片文章中的模型跟我们建的是一样的。但是计 ...

“需要技术处理”,需要什么技术。版主知道吗,望指点
9楼2012-06-20 09:46:16
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)


引用回帖:
9楼: Originally posted by guodonglin at 2012-06-20 09:46:16
“需要技术处理”,需要什么技术。版主知道吗,望指点...

我说不清~,呵呵

毕竟没有这样做过~
10楼2012-06-20 11:15:00
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)


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cenwanglai: 金币+1, 谢谢回复~ 2012-11-15 13:35:11
无序结构,disorder crystal
11楼2012-11-14 07:35:52
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10133202

铁虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大神,想问下你在生成的Cu2 Se1的坐标是这样么?但是坐标里面Cu和Se比例不对,这样的坐标可以直接提交到vasp里算吗?
Cu2Se
1.0
        5.6939997673         0.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000         5.6939997673         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000         5.6939997673
   Se   Cu
    4   40
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.000000000         0.500000000         0.500000000
     0.500000000         0.000000000         0.500000000
     0.500000000         0.500000000         0.000000000
     0.250000000         0.250000000         0.250000000
     0.750000000         0.750000000         0.750000000
     0.750000000         0.750000000         0.250000000
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