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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 基础理论 » 【求助】ICSD结构数据SOF的意义！
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助】ICSD结构数据SOF的意义！

*data for   ICSD #41140
Coll Code   41140
Rec  Date   1999/11/30
Mod  Date   2008/02/01
Chem Name   Copper(I) Selenide - Low
Structured  Cu2 Se
Sum         Cu2 Se1
ANX         A2X
Min Name    Berzelianite
D(calc)     7.41
Title       X-ray study of the average structure of Cu2 Se and of Cu1.8 S in the
            room temperature and high temperature phases
Author(s)   Yamamoto, K.;Kashida, S.
Reference   Journal of Solid State Chemistry
            (1991), 93, 202-211
            Golden Book of Phase Transitions, Wroclaw
            (2002), 1, 1-123
Unit Cell   5.694(7) 5.694(7) 5.694(7) 90. 90. 90.
Vol         184.61
Z           4
Space Group F m -3 m
SG Number   225
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF12
Wyckoff     f c a
R Value     0.065
Red Cell    F  4.026 4.026 4.026 60 60 60 46.152
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Antifluorite type
            Stable above 471 K (2nd ref., Tomaszewski), 396-471 K: F4-
            3m, m.p. 1400 K
            AE: Cu1: Se4; Cu2; Se3; Se: Cu8
            Compound with mineral name: Berzelianite
            The structure has been assigned a PDF number (experimental
            powder diffraction data): 46-1129
            Structure type prototype : Cu2Se
            Temperature in Kelvin: 293
            Structure type : Cu2Se
            X-ray diffraction from single crystal
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(U)   
Se   1  -2    4 a   0           0           0              1.         0        0.039(2)
Cu   1  +1    8 c   0.25        0.25        0.25           0.37(7)    0       0.068(14)
Cu   2  +1    32 f  0.334(5)    0.334       0.334          0.158(28)  0       0.085(12)
*end for    ICSD #41140

上面试Cu2Se的结构数据。问题：倒数第三行和倒数第二行，有两行SOF（site of fractional?)为分数的Cu原子坐标行。这个原胞中，Se的Site为4a, Cu 1 的site为8c，这个比例不是已经符合Cu:Se=2:1的比例了吗？为什么还会测出Ce 2的32 f？这个数据真实反映了Cu2Se中Cu:Se=2:1的组分特征吗？

对于这里的两行Cu原子， 8×0.37+32 ×0.158=8.02, 基本上也是符合Cu:Se=2:1的。这种小于1的SOF怎么体现在真实晶体结构中的呢？

Cu2Se结构模型



[ Last edited by cenwanglai on 2012-6-19 at 15:45 ]
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1楼 2012-06-19 14:43:03
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linhua0402313

版主 (文坛精英)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+5, 非常感谢。我是做第一性原理计算模拟，碰到分数占据的晶体结构，建模非常困难。你的回复对我非常有帮助~ 2012-06-19 15:41:51
lijunjie84: 金币+1, 斑斑辛苦了！ 2012-11-15 13:51:33
你的第二种分析是对滴
site代表的是晶体学中威克夫位置，sof代表的是原子在这个位置的占有率，一般理想的情况sof应该为1（即100%），但是由于合成条件或者晶体本身存在缺陷，所以在这些位点存在部分占据的情况（即占有率小于1），这些在一般的晶体学结构解析的时候可以发现，在解析这些原子位点的时候温度因子异常的高，所以必须使用部分占据的命令进行精修，所以可以得到精修的占有率，所以计算的时候总的原子数应该是占有率*威克夫位点前面的数字，这些同类原子的计算之和才是分子式的下标数字，所以你的第二种分析是对的，结果虽然和理想值有点偏差，这是正常的，因为精修的时候并没有考虑化合价平衡的问题。
而这种无序的现象存在的晶体在性能上往往有比较有趣的现象，比如你举的例子Cu2-XSe,由于Cu原子的无序，导致有较好的热电性能，该研究最近在Nature已经发表。
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3楼2012-06-19 15:14:20
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by linhua0402313 at 2012-06-19 15:14:20
你的第二种分析是对滴
site代表的是晶体学中威克夫位置，sof代表的是原子在这个位置的占有率，一般理想的情况sof应该为1（即100%），但是由于合成条件或者晶体本身存在缺陷，所以在这些位点存在部分占据的情况（即 ...

能提供这篇Cu-Se  Nature下载地址不？ 我检索了一下，没找到~

就这里的Cu2Se结构而言，Cu的8+32=40个可能占据的位置上，Cu在 8  c site上以0.37几率占据，在32 f site上以0.158几率占据。那么
（1）在实际的晶体原子堆积模型里，Cu是如何排列的呢？
（2）Cu的无序，是在有限几个位置上的无序。但这几个位置有多重组合，是不是导致长程无序？
（3）固定尺寸的Cu2Se晶体，Cu的排列组合是不是有很多种？
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4楼2012-06-19 15:40:17
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+5, 谢谢提供链接~ 2012-06-19 20:44:51
linhua0402313: 金币+1, 感谢版主热心参与，我说的就是这篇文献，辛苦了 2012-06-19 21:56:14
可以参看这篇
Copper ion liquid-like thermoelectrics
http://www.nature.com/nmat/journal/v11/n5/full/nmat3273.html

通讯作者是上硅所的Xun Shi or Lidong Chen
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5楼2012-06-19 19:32:24
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guodonglin

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
版主，我想问下，你见出来的模型，Cu原子之间的距离是0.832哎吗，反正我建出来是0.832哎，计算时，就说原子距离太小小了，不知道你的距离是什么，谢谢
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7楼2012-06-20 09:19:34
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by guodonglin at 2012-06-20 09:19:34
版主，我想问下，你见出来的模型，Cu原子之间的距离是0.832哎吗，反正我建出来是0.832哎，计算时，就说原子距离太小小了，不知道你的距离是什么，谢谢

距离是很小。

但是需要说明：我建出来的模型中，五个Cu原子组成的四面体，实际上是一个Cu原子的五个可能占据的位置。你读读我在计算模拟版发的帖子，可以了解一下。那片文章中的模型跟我们建的是一样的。但是计算的时候需要技术处理。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4646658&page=1#pid2
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8楼2012-06-20 09:40:10
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guodonglin

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-06-20 09:40:10
距离是很小。

但是需要说明：我建出来的模型中，五个Cu原子组成的四面体，实际上是一个Cu原子的五个可能占据的位置。你读读我在计算模拟版发的帖子，可以了解一下。那片文章中的模型跟我们建的是一样的。但是计 ...

“需要技术处理”，需要什么技术。版主知道吗，望指点
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9楼2012-06-20 09:46:16
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by guodonglin at 2012-06-20 09:46:16
“需要技术处理”，需要什么技术。版主知道吗，望指点...

我说不清~，呵呵

毕竟没有这样做过~
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10楼2012-06-20 11:15:00
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+1, 谢谢回复~ 2012-11-15 13:35:11
无序结构，disorder crystal
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11楼2012-11-14 07:35:52
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10133202

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大神，想问下你在生成的Cu2 Se1的坐标是这样么？但是坐标里面Cu和Se比例不对，这样的坐标可以直接提交到vasp里算吗？
Cu2Se
1.0
        5.6939997673         0.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000         5.6939997673         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000         5.6939997673
   Se   Cu
    4   40
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.000000000         0.500000000         0.500000000
     0.500000000         0.000000000         0.500000000
     0.500000000         0.500000000         0.000000000
     0.250000000         0.250000000         0.250000000
     0.750000000         0.750000000         0.750000000
     0.750000000         0.750000000         0.250000000
     0.250000000         0.250000000         0.750000000
     0.750000000         0.250000000         0.750000000
     0.250000000         0.750000000         0.250000000
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     0.750000000         0.250000000         0.250000000
     0.333999991         0.333999991         0.333999991
     0.666000009         0.666000009         0.666000009
     0.666000009         0.666000009         0.333999991
     0.333999991         0.333999991         0.666000009
     0.666000009         0.333999991         0.666000009
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     0.166000009         0.833999991         0.333999991
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12楼2015-10-15 18:56:13
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227083542楼
2012-06-19 14:48   回复  
liutaobjhy6楼
2012-06-19 20:06   回复  
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