| 查看: 631 | 回复: 2 | ||
[求助]
AUTODOCK tools中的flexible residues
|
|
各位大家好： 我所做的蛋白活性中心是金属，想把氨基酸残基上的N、O与金属的配位键设成可旋转的，而不是氨基酸本身的键柔性，不知道在ADT上是否能实现？ 另外，我想学习一下Flexible residues的设置，就先从flexible residues打开pdbqt格式的处理好的蛋白，然后从edit选择select from string,输入我的活性中心可旋转的氨基酸残基的名称，例如HIS374 add之后，再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转，我选了choose torsion之后发现有些绿色的应该是代表可以旋转的，我没什么要改的，就直接保存成flex的pdbqt格式，但是总是出错，请教各位大牛们这是什么原因呢？ 如图 另外“vina运算的脚本里，增加flex一行的说明，运算就可以了” 是加在conf.txt文件中么？应该加的那行说明要怎么写呢？  |
回复此楼» 猜你喜欢
招收生物学/细胞生物学调剂
已经有4人回复
-
一志愿武汉理工，总分321，英一数二，求老师收留。
已经有5人回复
-
324求调剂
已经有8人回复
-
284求调剂
已经有12人回复
-
348求调剂
已经有3人回复
-
329求调剂
已经有7人回复
-
求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕
已经有4人回复
-
考研调剂
已经有9人回复
-
304材料求调剂
已经有4人回复
-
一志愿郑大085600，310分求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- AUTODOCK中的flexible residues的问题
已经有8人回复
- autodock安装好后导入分子为什么不对（附图）
已经有18人回复
- 【求助】请教Autodock结果分析
已经有8人回复
- 【求助】autodock计算的结果重复性不好
已经有9人回复
- 【求助】linux下autodock安装不成功
已经有6人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
- 【资源】PyRx-基于autodock的虚拟筛选软件
已经有31人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
2楼2012-06-25 16:53:45
3楼2012-06-25 16:55:07
6