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aeolian1985

木虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK tools中的flexible residues

各位大家好：

我所做的蛋白活性中心是金属，想把氨基酸残基上的N、O与金属的配位键设成可旋转的，而不是氨基酸本身的键柔性，不知道在ADT上是否能实现？

另外，我想学习一下Flexible residues的设置，就先从flexible residues打开pdbqt格式的处理好的蛋白，然后从edit选择select from string,输入我的活性中心可旋转的氨基酸残基的名称，例如HIS374 add之后，再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转，我选了choose torsion之后发现有些绿色的应该是代表可以旋转的，我没什么要改的，就直接保存成flex的pdbqt格式，但是总是出错，请教各位大牛们这是什么原因呢？
如图

另外“vina运算的脚本里，增加flex一行的说明，运算就可以了”
是加在conf.txt文件中么？应该加的那行说明要怎么写呢？
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1楼 2012-06-19 11:01:41
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aeolian1985

木虫 (小有名气)
这个我也自己搞定了，就是在
conf.txt里
自己加一行--receptor (自己的受体名)receptor.pdbqt --flex (自己的柔性受体名) receptor_flex.pdbqt --out out.pdbqt...
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2楼2012-06-25 16:53:45
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aeolian1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by aeolian1985 at 2012-06-25 16:53:45
这个我也自己搞定了，就是在
conf.txt里
自己加一行--receptor (自己的受体名)receptor.pdbqt --flex (自己的柔性受体名) receptor_flex.pdbqt --out out.pdbqt...

说错了
conf.txt里写
receptor= receptor.pdbqt
flex = receptor_flex.pdbqt...

那个cygwin里调用程序的时候多写一行上面的东西
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3楼2012-06-25 16:55:07
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