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AUTODOCK tools中的flexible residues
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各位大家好： 我所做的蛋白活性中心是金属，想把氨基酸残基上的N、O与金属的配位键设成可旋转的，而不是氨基酸本身的键柔性，不知道在ADT上是否能实现？ 另外，我想学习一下Flexible residues的设置，就先从flexible residues打开pdbqt格式的处理好的蛋白，然后从edit选择select from string,输入我的活性中心可旋转的氨基酸残基的名称，例如HIS374 add之后，再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转，我选了choose torsion之后发现有些绿色的应该是代表可以旋转的，我没什么要改的，就直接保存成flex的pdbqt格式，但是总是出错，请教各位大牛们这是什么原因呢？ 如图 另外“vina运算的脚本里，增加flex一行的说明，运算就可以了” 是加在conf.txt文件中么？应该加的那行说明要怎么写呢？  |
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