应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 简并引物的简并度多少正常
51/1返回列表
查看: 3330  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hraikeyan

金虫 (小有名气)

[求助] 简并引物的简并度多少正常

一般简并引物的简并度大概多少正常?
简并引物PCR的退火温度能超过60度吗？（我做的梯度PCR，在58——63度都有条带）
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
nothing isimpossible
1楼 2012-05-28 22:38:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanghd2826

铁虫 (小有名气)
★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-29 13:52:13
1、一般来说，简并度在1024之内正常，但是超过1024是很常见的事。自己做过几对简并引物都大于1024，但是后来扩增都没问题。简并度高是因为简并引物中的N，如果有钱，可以用i（次黄嘌呤）代替N，这样简并度就会减少很多，一般都能达到要求。
2、简并引物的退火温度一般都不高，这样有利于引物本身更好的与模板相结合。简并度稍高的简并引物退火温度尽量不要超过60°，50°左右最好。
希望对lz有所帮助。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-05-29 09:10:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wanghd2826 at 2012-05-29 09:10:37
1、一般来说，简并度在1024之内正常，但是超过1024是很常见的事。自己做过几对简并引物都大于1024，但是后来扩增都没问题。简并度高是因为简并引物中的N，如果有钱，可以用i（次黄嘌呤）代替N，这样简并度就会减少很 ...

请问简并引物设计时是以氨基酸序列做参考还是碱基序列作参考。
之前将几种氨基酸序列做比对，找到保守序列在将其中一条序列输入primer5里面，设计的兼并引物的简并度很高。
但是如果将对应的碱基序列作对比，在相同的保守区，人工设计简并引物，简并度很低，一般都不超过100，请问我该怎么设计？以哪个作参考？
赞一下 回复此楼
nothing isimpossible
3楼2012-05-30 09:11:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanghd2826

铁虫 (小有名气)
★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-30 13:42:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by hraikeyan at 2012-05-30 09:11:07
请问简并引物设计时是以氨基酸序列做参考还是碱基序列作参考。
之前将几种氨基酸序列做比对，找到保守序列在将其中一条序列输入primer5里面，设计的兼并引物的简并度很高。
但是如果将对应的碱基序列作对比，在相 ...

简并引物一般是要以氨基酸保守序列来参考的，因为密码子的简并性缘故，只有氨基酸的序列才是相对保守的。个人感觉用软件设计的简并引物并不可靠，不如自己设计。找到保守的氨基酸序列后，一般上下游各找到7-9个连续的相对保守的氨基酸区域，之后根据简并密码子表就可以轻松翻译出来。尽量不要以碱基作为参考，并不是很准确。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-05-30 11:04:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孟孟525

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
无需奖励，只是觉得退火温度低于72摄氏度应该都可以
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-31 16:04:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hraikeyan 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 7/350 2026-10-12 14:47 by chuans0923
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 5/250 2026-10-11 09:00 by 好运来～9527
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭