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快乐春想

新虫 (初入文坛)

[求助] DGGE跑胶时出现一坨的苦恼!!!

求指教:
        我用DGGE法做土壤里的细菌群落,DNA是用OMEGA的试剂盒提的,效果不错,PCR用巢式,第一轮引物F27和R1492,第二轮引物GC-338F和518R,琼脂糖电泳结果也挺亮的。DGGE用的8%的胶,40%-60%,60V,15h,然后银染,出来的结果全是下边出现两坨,然后再往下就没有条带了。刚开始做DGGE,自己摸索,不断出现问题,特在此请教各位专家,要怎样解决这个坨的问题呢???
        还有,跑第一次DGGE后,拿去测序,套峰太多,又拿第一次切胶后的产物做了PCR,条件与第二轮PCR相同,然后又跑了一次DGGE,有一个主条带,但还是有好几个细条带,想接着进行测序,应该怎么办呢??如果是做克隆,挑多少斑比较好呢?

巢式PCR之后的结果



第一次DGGE结果



不好意思,这个传错了,嘻嘻,没弄明白在哪儿删除



第一次DGGE切胶后结果



第一次切胶后的PCR产物进行第二次DGGE后的结果



第二次DGGE后切胶PCR的结果
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

克隆测序的话,一般取3个阳性克隆测序。
3楼2012-06-01 10:34:16
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