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张华www

铁虫 (初入文坛)

[求助] DGGE,跑出好的图的师兄师姐传授下经验啊

本人用DGGE分析食品在贮藏过程中菌相变化,跑了两个多月了,一张好的图都没有,实在不知怎么办啊,pcR产物经凝胶电泳检测结果很好。DGGE有些图细小的条带跑不出来,有些图有雪花,有些条带弯曲,可每次操作都挺规范的啊,请高手指点啊!

[ Last edited by 张华www on 2011-5-31 at 10:49 ]
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jayzhao520

木虫 (正式写手)

楼主注意自身安全啊
国合通用(青岛)测试评价有限公司,国家新材料测试评价平台-青岛实验室。
2楼2011-05-31 14:32:32
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小小甜児

金虫 (正式写手)

★ ★
树树8013(金币+2): 也快一年的虫友了,怎么不常来自己的食品板块发帖回帖呢。板块欢迎你的到来。 2011-05-31 17:24:22
我跟楼主的课题有点点类似,我是看产品整个生产过程中可能引入的致病菌。用T-RFLP技术,PCR产物经凝胶电泳检测结果是好的,等到我酶切后就什么都没了,整个实验就这样没了,师姐说可能温度太搞,DNA讲解了~
在这个幽静的夜晚里,我给自己打了几个电话,打给过去的我,同她聊聊往事,打给未来的我,与她谈谈心事,打给现在的我,问问她最近过的如何~
3楼2011-05-31 17:08:22
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张华www

铁虫 (初入文坛)

是啊,做过DGGE的虫友给点建议啊
4楼2011-05-31 17:49:39
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caisanrenju

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
树树8013(金币+2): 谢谢经验交流,欢迎常来咱们自己的板块发帖、回帖交流讨论。 2011-06-01 09:27:09
略做过一些DGGE,你的问题表述很模糊,不知道是怎么个不好法。建议上图,或者详细描述下你的实验过程。
DGGE是很微妙的,DNA的提取和PCR是最关键的,DGGE只是分出结果的工具。如果只是图难看的话,可以考虑1。配胶的水一定是超纯水,最好再用膜过滤2。染色的方法如果是银染,需要注意容器、溶液一定要洁净,若是EB染,脱色一步极为重要
5楼2011-06-01 00:33:46
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良缘百合

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
Originally posted by caisanrenju at 2011-06-01 00:33:46:
略做过一些DGGE,你的问题表述很模糊,不知道是怎么个不好法。建议上图,或者详细描述下你的实验过程。
DGGE是很微妙的,DNA的提取和PCR是最关键的,DGGE只是分出结果的工具。如果只是图难看的话,可以考虑1。配 ...

谢谢哦
我想问一下关于脱色的问题,用EB染半小时后,放在无菌水里5分钟,这样足够么?
爱家人爱学习爱生活
6楼2011-06-01 11:29:50
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张华www

铁虫 (初入文坛)


junwen6516(金币+1): 鼓励交流 2011-06-01 23:41:19
这是相对比较好的图了,可是中间的条带一大团的,不好看啊,后来再继续跑,前面那些小的条带都出不来
电泳条件是:8%聚丙烯酰胺凝胶,尿素浓度梯度是40%-55%,200V预电泳10min,85V电泳16h,电泳结束后EB染色15min,再用二级水漂洗三次,在用凝胶成像仪拍照
请大家看看到底哪里出了问题?
对了,每次制胶时,取出梳子的时候,点样孔处玻璃上总会粘点胶,又清除不了,点样总成一片,这有关系吗?
7楼2011-06-01 17:30:24
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张华www

铁虫 (初入文坛)

?
8楼2011-06-01 17:31:58
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caisanrenju

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


树树8013(金币+1, 食品EPI+1): 板块欢迎你常来讨论交流。 2011-06-01 22:55:23
张华www(金币+5): 很有帮助,可惜我金币少,要不一定多给,十分感谢啊 2011-06-02 08:28:02
sweety: 回帖置顶 2011-12-30 09:46:45
我做的时候,EB染色5min,脱色15min,配EB染液和洗脱液最好用你的电泳缓冲液。按照你的染色脱色条件,如果我没猜错的话,背景应该很亮吧?染30min我觉得没必要,时间太久了。脱洗一次就够,多放点液体,可以保证你的胶完整。

有关你条带集中在中间,个人觉得有几个可能的原因:
1。PCR偏好严重,条带相似度较高,导致集中在一个区域
2。40%-55%的变性范围不合适,可尝试下再缩小变性的范围,比如45-55
3。灌胶失误,胶的变性梯度不均匀

最后,我觉得LZ应该了解,如果一个条带在DGGE胶中变性了,你再电泳,这个条带也是几乎不动的。这涉及到DGGE分离的原理,所以你后来帖子中的尝试是没有意义的。
9楼2011-06-01 20:30:19
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张华www

铁虫 (初入文坛)

10楼2011-06-02 08:25:23
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