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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » autodock和gromacs的区别
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lid5251

新虫 (小有名气)

[交流] autodock和gromacs的区别

各位大侠，有谁知道AUTODOCK和GROMACS的区别，尤其是模拟多肽与多肽之间的结合用哪个更合适呢？？
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1楼 2012-05-22 14:41:25
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-22 14:47:15:
两者都不是一个类型的软件~哈哈~AUTODOCK是个单纯的对接软件，模拟的静态过程下底物和蛋白质的结合，而GROMACS是一个分子动力学软件，可以用于研究动态过程中底物和蛋白质的结合，从原理上来说，当然是动态的要准确

哦，谢啦
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3楼2012-05-22 16:03:13
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
lid5251(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-22 17:02:59
两者都不是一个类型的软件~哈哈~AUTODOCK是个单纯的对接软件，模拟的静态过程下底物和蛋白质的结合，而GROMACS是一个分子动力学软件，可以用于研究动态过程中底物和蛋白质的结合，从原理上来说，当然是动态的要准确一些啦~不过GROMAC在计算结合能时比较麻烦，如果你希望用分子动力学模拟，AMBER可能更适合。不过看你的专业，感觉你应该还没涉及太多模拟的东西，第一步可以做下单纯的对接~看看与你的预期是否符合
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2楼2012-05-22 14:47:15
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