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lid5251

新虫 (小有名气)


[交流] autodock和gromacs的区别

各位大侠,有谁知道AUTODOCK和GROMACS的区别,尤其是模拟多肽与多肽之间的结合用哪个更合适呢??
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lid5251(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-22 17:02:59
两者都不是一个类型的软件~哈哈~AUTODOCK是个单纯的对接软件,模拟的静态过程下底物和蛋白质的结合,而GROMACS是一个分子动力学软件,可以用于研究动态过程中底物和蛋白质的结合,从原理上来说,当然是动态的要准确一些啦~不过GROMAC在计算结合能时比较麻烦,如果你希望用分子动力学模拟,AMBER可能更适合。不过看你的专业,感觉你应该还没涉及太多模拟的东西,第一步可以做下单纯的对接~看看与你的预期是否符合
2楼2012-05-22 14:47:15
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lid5251

新虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-22 14:47:15:
两者都不是一个类型的软件~哈哈~AUTODOCK是个单纯的对接软件,模拟的静态过程下底物和蛋白质的结合,而GROMACS是一个分子动力学软件,可以用于研究动态过程中底物和蛋白质的结合,从原理上来说,当然是动态的要准确

哦,谢啦
3楼2012-05-22 16:03:13
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