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请教各位大牛，SYBYL-X中，SURFLEX-DOCK可加两个配体吗？可加水箱进行对接吗？
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以前使用SYBYL-X中的SURFLEX-DOCK进行对接时，都是单一受体与一配体分子对接，或者是一对多对接，即高通量虚拟筛选，实则还是一对一对接，只不过是批量进行，都非常顺利。现碰到一些问题，求助各位大老： （1）加完全相同的两个配体时，这两个配体就重叠在了一起。如何使它们不重叠？ （2）受体加水箱后，对接时配体结合到了水箱上，结合不到受体分子上，如何才能使配体对接到受体上？ （3）SYBYL-X对接时可一个受体与两个完全相同的配体同时进行对接吗？我试了一下先对接一个，后对接第二个，但感觉两个相同配体同时加上较好些。 （4）minimization of time-averaged dynamics structure在那个模块？步骤是什么？ 越详细越好，在这里先感谢大家。 |
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