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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR引物TM值的确定
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viki_MDK

银虫 (正式写手)

[求助] PCR引物TM值的确定

我的一个引物的Tm为53.7，另一个为72.2，那我的退火温度应该是多少？
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1楼 2012-04-27 14:42:41
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viki_MDK

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hyacinth326 at 2012-04-27 15:26:37:
设计的时候没有注意这个么？感觉这对引物质量不是很好，如果从基因组上p的话不一定好p，退火温度还是应该比最低的那个低5度左右吧

下游引物上引入了组氨酸标签，所以碱基对数将近50了。
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7楼2012-04-27 15:35:15
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皇马铁卫

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我们一般都用较低引物的Tm至-5℃作为退货温度。
你这个可以试下50度吧，不过这两条引物TM差别怎么这么大，设计有问题吧？
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春晓赏花，夏日听蝉，箫吹秋月，酒饮冬霜~
2楼2012-04-27 14:54:15
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张宏宇123

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖交流问题。 2012-04-27 18:40:33
你的两条引物Tm值相差有点大，PCR扩增很难，除非你降低温度非特异性少的情况下还可以考虑。
引物的Tm值：Tm=4（G+C）+2(A+T)
Tm值比退火温度高5-15℃
两条引物的Tm值最好相同，相差不要超过3℃

你可以先降低温度试试，如果非特异性带太多的话，建议你重新设计一对引物，让两个引物的Tm值尽量差的不要太多。（个人意见，呵呵）
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未来不是梦
3楼2012-04-27 14:54:49
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hyacinth326

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-28 08:21:21
设计的时候没有注意这个么？感觉这对引物质量不是很好，如果从基因组上p的话不一定好p，退火温度还是应该比最低的那个低5度左右吧
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4楼2012-04-27 15:26:37
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