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jingyi_180

银虫 (正式写手)

[求助] 功能基因扩增相关

跨专业做这个太难了,所以必须来小木虫求助了。

问题1:提取纯菌和环境样品中的总DNA后的下一步是不是必须进行DNA纯化?我的目的是扩增功能基因。

问题2:怎么样寻找或者是判断你获得的功能基因序列是完整的?

问题3:我注意到目前很多研究功能基因序列的都是不完整的,如果要研究蛋白表达是不是一定要完整序列才行?还有为什么只要扩增到功能基因的片段序列就可以说明这个菌种具有这个功能?

以上问题google也找不到,所以希望热心的虫子们帮我解答一下。
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jingyi_180

银虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 天使托 at 2012-04-25 18:58:25:
问题1:提取纯菌和环境样品中的总DNA后的下一步是不是必须进行DNA纯化?我的目的是扩增功能基因。
答:肯定是要纯化的,不然会影响你后期的扩增!

问题2:怎么样寻找或者是判断你获得的功能基因序列是完整的? ...

再问一下第二个问题:可以说说测序怎么可以判断出来么?我不懂。

第三个问题中,一般文献中研究功能基因的话,假如功能基因全长是2000bp的话,一般只扩到其中的800bp,他们就说这个菌株具有这个功能。
7楼2012-04-25 19:50:43
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cheng_xiao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jingyi_180: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-04-25 17:00:13
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励正确解答问题 2012-04-27 08:38:37
1. 这个不一定,你可以不用纯化,只要你能够扩增出来就行
2. 一般完整的功能序列有起始密码子和终止密码子,由于你是从DNA中扩增,所以可能存在内含子,如果是这样,你可以比对进一步确定。
3. 对,表达一般是需要完整序列的。 是这样的,菌的基因较少,所含的无功能基因基本没有,所以只要你确定这个基因在了,基本上就确定它行驶功能。
说的不全,多多包涵,实验顺利

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

我努力我奋斗我成功
2楼2012-04-25 14:25:35
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jingyi_180

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cheng_xiao at 2012-04-25 14:25:35:
1. 这个不一定,你可以不用纯化,只要你能够扩增出来就行
2. 一般完整的功能序列有起始密码子和终止密码子,由于你是从DNA中扩增,所以可能存在内含子,如果是这样,你可以比对进一步确定。
3. 对,表达一般是需 ...

1: 这样的话就是还是纯化一下成功率更高对吧?
2:起始密码子,终止密码子,内含子。。。额,我都不懂,没基础知识真可怕,我果断去查书去。
3:所含的无功能基因基本没有?这个我不太清楚. 我这样说,你看对不对,就是因为首先菌的基因较少,再次本来含有的功能基因就比较单一,只扩到小片段的功能基因就可以说明问题?
3楼2012-04-25 16:59:54
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jingyi_180

银虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by cheng_xiao at 2012-04-25 14:25:35:
1. 这个不一定,你可以不用纯化,只要你能够扩增出来就行
2. 一般完整的功能序列有起始密码子和终止密码子,由于你是从DNA中扩增,所以可能存在内含子,如果是这样,你可以比对进一步确定。
3. 对,表达一般是需 ...

我刚查了一下,内含子只在真核生物中存在是吧?我这边做的是细菌,应该不存在内含子的问题,是吧?
5楼2012-04-25 17:12:28
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