应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助关于16rsDNA
71/1返回列表
查看: 2439  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看

gaolchen

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于16rsDNA

我让一个公司测序，它是这样进行的，提取菌体基因组DNA，以该DNA为模板，16srDNA引物进行扩增。得到的扩增引物进行测序，长约1500bp，我想知道测序结果应该从NCBI中哪个模块进行比对，麻烦发网址过来，是用核苷酸序列进行比对吗？但是，那个不是比对16srRNA的吗？初学者，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-04-24 10:56:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励~ 2012-04-29 09:41:02
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome
赞一下 回复此楼
2楼2012-04-24 13:03:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaolchen

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-04-24 13:03:02:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

我想再问一下，data base是选择最后那一项吗？我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗？还有就是，画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的？
赞一下 回复此楼
3楼2012-04-24 14:42:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
amisking: 金币+5, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-04-29 17:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaolchen at 2012-04-24 14:42:57:
我想再问一下，data base是选择最后那一项吗？我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗？还有就是，画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的？

选择 other，
做Nj树的时候，不要选择比对后相似度相近的，而是选择同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株进行建树。这样建的树会好一些。

选择没有固定的标准，也不一定选择特别多的菌，有十来个就可以了。
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-25 08:26:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaolchen

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-04-25 08:26:43:
选择 other，
做Nj树的时候，不要选择比对后相似度相近的，而是选择同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株进行建树。这样建的树会好一些。

选择没有固定的标准，也不一定选择特别多的菌，有十来个 ...

那就是，一个属下面选几个种，然后多选几个属，是吗？同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株，这句话不太懂，呵呵呵，我一点都没有学过，这方面的知识，谢谢啦。比如说是都是芽孢杆菌，那应该怎么选择？
赞一下 回复此楼
5楼2012-04-25 14:02:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学
刚接触做相同的工作。来学习下！
赞一下 回复此楼
环境卫生、微生物学、卫生应急
6楼2012-04-25 15:52:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

phoenix.ren

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+3, 很专业哈~鼓励一下 2012-04-29 09:40:44
amisking: 金币+3, BioEPI+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-04-29 17:15:57
http://147.47.212.35:8080/
这个网站是做分类时的专业网站，里面都是收录的是type strain的16S序列，比NCBI好，NCBI里面的数据太冗繁，你根本不知道哪些是有效发表的。
赞一下 回复此楼
7楼2012-04-28 23:43:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gaolchen 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[文学芳草园] 梦想 +4 myrtle 2026-08-26 4/200 2026-08-31 08:43 by 逸域隐帆
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 08:28 by xiangy672
[基金申请] 面上意见出来了 +10 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 19/950 2026-08-31 08:01 by blueearth171
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭