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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助关于16rsDNA
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gaolchen

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于16rsDNA

我让一个公司测序，它是这样进行的，提取菌体基因组DNA，以该DNA为模板，16srDNA引物进行扩增。得到的扩增引物进行测序，长约1500bp，我想知道测序结果应该从NCBI中哪个模块进行比对，麻烦发网址过来，是用核苷酸序列进行比对吗？但是，那个不是比对16srRNA的吗？初学者，谢谢
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1楼 2012-04-24 10:56:43
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励~ 2012-04-29 09:41:02
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome
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2楼2012-04-24 13:03:02
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gaolchen

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-04-24 13:03:02:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

我想再问一下，data base是选择最后那一项吗？我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗？还有就是，画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的？
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3楼2012-04-24 14:42:57
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
amisking: 金币+5, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-04-29 17:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaolchen at 2012-04-24 14:42:57:
我想再问一下，data base是选择最后那一项吗？我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗？还有就是，画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的？

选择 other，
做Nj树的时候，不要选择比对后相似度相近的，而是选择同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株进行建树。这样建的树会好一些。

选择没有固定的标准，也不一定选择特别多的菌，有十来个就可以了。
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4楼2012-04-25 08:26:43
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gaolchen

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-04-25 08:26:43:
选择 other，
做Nj树的时候，不要选择比对后相似度相近的，而是选择同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株进行建树。这样建的树会好一些。

选择没有固定的标准，也不一定选择特别多的菌，有十来个 ...

那就是，一个属下面选几个种，然后多选几个属，是吗？同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株，这句话不太懂，呵呵呵，我一点都没有学过，这方面的知识，谢谢啦。比如说是都是芽孢杆菌，那应该怎么选择？
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5楼2012-04-25 14:02:21
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学
刚接触做相同的工作。来学习下！
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环境卫生、微生物学、卫生应急
6楼2012-04-25 15:52:20
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phoenix.ren

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+3, 很专业哈~鼓励一下 2012-04-29 09:40:44
amisking: 金币+3, BioEPI+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-04-29 17:15:57
http://147.47.212.35:8080/
这个网站是做分类时的专业网站，里面都是收录的是type strain的16S序列，比NCBI好，NCBI里面的数据太冗繁，你根本不知道哪些是有效发表的。
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7楼2012-04-28 23:43:48
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