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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助关于16rsDNA
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gaolchen

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于16rsDNA

我让一个公司测序，它是这样进行的，提取菌体基因组DNA，以该DNA为模板，16srDNA引物进行扩增。得到的扩增引物进行测序，长约1500bp，我想知道测序结果应该从NCBI中哪个模块进行比对，麻烦发网址过来，是用核苷酸序列进行比对吗？但是，那个不是比对16srRNA的吗？初学者，谢谢
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1楼 2012-04-24 10:56:43
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学
刚接触做相同的工作。来学习下！
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环境卫生、微生物学、卫生应急
6楼2012-04-25 15:52:20
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励~ 2012-04-29 09:41:02
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome
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2楼2012-04-24 13:03:02
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gaolchen

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-04-24 13:03:02:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

我想再问一下，data base是选择最后那一项吗？我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗？还有就是，画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的？
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3楼2012-04-24 14:42:57
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
amisking: 金币+5, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-04-29 17:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaolchen at 2012-04-24 14:42:57:
我想再问一下，data base是选择最后那一项吗？我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗？还有就是，画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的？

选择 other，
做Nj树的时候，不要选择比对后相似度相近的，而是选择同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株进行建树。这样建的树会好一些。

选择没有固定的标准，也不一定选择特别多的菌，有十来个就可以了。
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4楼2012-04-25 08:26:43
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