24小时热门版块排行榜    

查看: 2259  |  回复: 6
本帖产生 1 个 BioEPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

gaolchen

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于16rsDNA

我让一个公司测序,它是这样进行的,提取菌体基因组DNA,以该DNA为模板,16srDNA引物进行扩增。得到的扩增引物进行测序,长约1500bp,我想知道测序结果应该从NCBI中哪个模块进行比对,麻烦发网址过来,是用核苷酸序列进行比对吗?但是,那个不是比对16srRNA的吗?初学者,谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

刚接触做相同的工作。来学习下!
环境卫生、微生物学、卫生应急
6楼2012-04-25 15:52:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励~ 2012-04-29 09:41:02
2楼2012-04-24 13:03:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaolchen

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-04-24 13:03:02:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

我想再问一下,data base是选择最后那一项吗?我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗?还有就是,画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的?
3楼2012-04-24 14:42:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
amisking: 金币+5, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-04-29 17:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaolchen at 2012-04-24 14:42:57:
我想再问一下,data base是选择最后那一项吗?我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗?还有就是,画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的?

选择 other,
做Nj树的时候,不要选择比对后相似度相近的,而是选择同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株进行建树。这样建的树会好一些。

选择没有固定的标准,也不一定选择特别多的菌,有十来个就可以了。
4楼2012-04-25 08:26:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 274求调剂 +13 顾九笙要谦虚 2026-03-24 19/950 2026-03-26 13:30 by 小小麦片
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +15 tcxiaoxx 2026-03-20 17/850 2026-03-26 13:27 by 小小麦片
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315(英一)求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
[考研] 各位老师您好:本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 材料学硕,求调剂 6+4 糖葫芦888ll 2026-03-22 9/450 2026-03-25 11:19 by greychen00
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-24 3/150 2026-03-24 21:31 by peike
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程(085601) +5 WW.' 2026-03-23 7/350 2026-03-24 14:50 by sprinining
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 材料/农业专业,07/08开头均可,过线就行 +3 呵唔哦豁 2026-03-23 4/200 2026-03-23 22:30 by 汪!?!
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境,总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-23 8/400 2026-03-23 20:36 by Creta
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
信息提示
请填处理意见