24小时热门版块排行榜    

查看: 2398  |  回复: 6
本帖产生 1 个 BioEPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

gaolchen

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于16rsDNA

我让一个公司测序,它是这样进行的,提取菌体基因组DNA,以该DNA为模板,16srDNA引物进行扩增。得到的扩增引物进行测序,长约1500bp,我想知道测序结果应该从NCBI中哪个模块进行比对,麻烦发网址过来,是用核苷酸序列进行比对吗?但是,那个不是比对16srRNA的吗?初学者,谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaolchen

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-04-25 08:26:43:
选择 other,
做Nj树的时候,不要选择比对后相似度相近的,而是选择同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株进行建树。这样建的树会好一些。

选择没有固定的标准,也不一定选择特别多的菌,有十来个 ...

那就是,一个属下面选几个种,然后多选几个属,是吗?同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株,这句话不太懂,呵呵呵,我一点都没有学过,这方面的知识,谢谢啦。比如说是都是芽孢杆菌,那应该怎么选择?
5楼2012-04-25 14:02:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励~ 2012-04-29 09:41:02
2楼2012-04-24 13:03:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaolchen

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiadongliang at 2012-04-24 13:03:02:
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

我想再问一下,data base是选择最后那一项吗?我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗?还有就是,画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的?
3楼2012-04-24 14:42:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
amisking: 金币+5, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-04-29 17:16:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaolchen at 2012-04-24 14:42:57:
我想再问一下,data base是选择最后那一项吗?我测的是微生物。这个不是比对16srRNA的吗?还有就是,画N-J进化树的话我应该选择相似度多少以上的?

选择 other,
做Nj树的时候,不要选择比对后相似度相近的,而是选择同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株进行建树。这样建的树会好一些。

选择没有固定的标准,也不一定选择特别多的菌,有十来个就可以了。
4楼2012-04-25 08:26:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 帮忙看看fileCode +3 wwncly 2026-08-10 5/250 2026-08-10 19:06 by 2000zf36392
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +4 布布和一二 2026-08-10 4/200 2026-08-10 14:50 by 医学老男孩
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +11 archvillain 2026-08-04 13/650 2026-08-10 14:41 by seekfind
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
信息提示
请填处理意见